| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,627,279 | A→T | 6.1% | intergenic (‑214/‑108) | sarT ← / → sarU | staphylococcal accessory regulator T/staphylococcal accessory regulator U |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,627,279 | 0 | A | T | 6.1% | 226.9 / 3.1 | 74 | intergenic (‑214/‑108) | sarT/sarU | staphylococcal accessory regulator T/staphylococcal accessory regulator U |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/34); new base T (3/2); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTGGTGCTAGCTATAAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCA‑TTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATAT‑TATATATAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAATAGTAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCAAT > CP000730/2627143‑2627416 | ttGTGGTGCTAGCTATAAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCA‑TTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtatatat‑tat > 1:253199/1‑141 (MQ=255) gtggtgCTAGCTATAAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCA‑TTTGTTATTCTGTGACTTTTAGTTATTTATATTTTATAtatatat‑tatat > 1:1005853/1‑141 (MQ=255) tggttttagctaTAAAGACAAATGATTCATATATCTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCA‑TTTGTTATTCTGTGATTTTTATTTATTTATATTTTATAtatatat‑tatata < 2:929465/135‑1 (MQ=255) gctagctaTAAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCA‑TTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATAT‑TATATATaaa > 2:205880/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |