| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 109,868 | A→C | 5.3% | T312P (ACG→CCG) | plc → | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 109,868 | 0 | A | C | 5.3% | 283.7 / 7.0 | 95 | T312P (ACG→CCG) | plc | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/43); new base C (2/3); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
TCTTGAGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAAT > CP000730/109728‑110008 | tCTTGAGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGAtata < 2:62246/141‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATAc < 1:640481/141‑1 (MQ=255) ttGAGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACg > 2:305852/1‑141 (MQ=255) tGAGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGt > 1:806542/1‑141 (MQ=255) aGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTgg > 2:236928/1‑141 (MQ=255) aGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTgg > 1:695682/1‑141 (MQ=255) tgtAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGcc < 1:3733/141‑1 (MQ=255) gtAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCt < 1:59965/141‑1 (MQ=255) tAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTg < 2:548905/141‑1 (MQ=255) tAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTg < 2:548900/141‑1 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aCTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGAAAACGGGAAAGCTAGAACTGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATCCGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATtata > 1:236393/1‑141 (MQ=255) cTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTatag > 2:53774/1‑141 (MQ=255) cTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTatag > 1:201607/1‑141 (MQ=255) ttATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTataga < 2:445076/141‑1 (MQ=255) ataACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTatagata > 1:12996/1‑141 (MQ=255) aCTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGAAAACGGGAAAGCTAGAACTGGTTGGCTGATTGATGACTTGTTTGTATATCCGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGta < 1:294050/141‑1 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ggCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCactac < 2:8107/141‑1 (MQ=255) tGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCg < 2:838832/141‑1 (MQ=255) ttgttgACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGttt < 1:725273/141‑1 (MQ=255) tgttgACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTAGTGAAAATAATTAGAATCTAACTATTTTCA‑TACTCGtctt < 1:53774/141‑4 (MQ=37) gttgACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTAGTGAAAATAATTAGAATCTAACTATTTTCA‑TACTCGtctta < 1:734241/141‑5 (MQ=37) tgACTATGCAGGATATCCGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTAt < 1:1058727/141‑1 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1:1072900/141‑1 (MQ=255) atatACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAg < 1:668505/141‑1 (MQ=255) aCGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGtaat > 1:593008/1‑141 (MQ=255) | TCTTGAGTGTAGCGTCTGGAGGCAGCGCATTTAATAGTACTTATAACTATGCATCACATATAAATCCTGAAATTGCAAAAACGATTAAAGCAAATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAAT > CP000730/109728‑110008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |