| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 323,222 | G→A | 6.5% | intergenic (+34/+18) | lytM → / ← USA300HOU_0290 | M23 family lysostaphin/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 323,222 | 0 | G | A | 6.5% | 288.1 / 4.2 | 95 | intergenic (+34/+18) | lytM/USA300HOU_0290 | M23 family lysostaphin/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/44); new base A (4/3); total (48/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTACGGGTAATTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAATGATGGGTAGTTAAT > CP000730/323084‑323360 | agtaCGGGTAATTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCCAAGTAGAGAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCt < 1:248084/141‑1 (MQ=255) gtaCGGGTAATTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCtt < 2:211033/141‑1 (MQ=255) aCGGGTAATTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCCTACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTgg < 1:959023/141‑1 (MQ=255) gggTAATTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGa < 1:256779/141‑1 (MQ=255) aTTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGAttttt < 1:2327/141‑1 (MQ=255) aTTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGAttttt < 2:385308/141‑1 (MQ=255) ttCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTTATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAATATCCCTAGCTGCG‑TATGATATCGCAACTTGGGAttttct < 2:179678/141‑3 (MQ=37) tCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTc > 1:53744/1‑141 (MQ=255) aaCAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGt > 2:104888/1‑141 (MQ=255) aCAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGGTAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGtt < 1:233094/141‑1 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acacTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGtat < 2:637229/141‑1 (MQ=255) cacTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATAGTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAACCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGtata < 1:246374/141‑1 (MQ=255) cTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAg < 2:955170/141‑1 (MQ=255) ttCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGt < 1:530425/141‑1 (MQ=255) tCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTc > 2:445890/1‑141 (MQ=255) cAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCa < 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gCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAatg < 1:242038/141‑1 (MQ=255) gcgtatgatatcGCAACTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAatg > 1:231306/12‑141 (MQ=255) atatCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAatgatg < 1:43873/141‑1 (MQ=255) tatgatatcGCAACTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAatgatg > 2:1074431/9‑141 (MQ=255) cATA‑CGCAACTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGCCCATTGCTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCCACTTCATCTAAATGATGGGTa < 1:269349/141‑1 (MQ=255) cGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAATGACGGGAAGTTa > 1:154119/1‑141 (MQ=255) cAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAATGATGGGTAGTTAat > 1:867723/1‑141 (MQ=255) cAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGAACTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAATGATGGGTAGTTAat > 2:448261/1‑141 (MQ=255) | AGTACGGGTAATTCAACAGCGCCTCACGTACACTTCCAACGTATGTCTGGTGGCATCGGTAATCAATATGCAGTAGACCCAACGTCATACTTGCAAAGTAGATAATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATA‑CGCAGCTTGGGATTTTTTCGTTTTAATAATAGGTATAAGTCCATTGTTTGTCCTCTAAAACATGTTGATAAAAAGGATCTTGGCCAATTAACTTGATATCATCTGCAAGTGCTTCAACTTCATCTAAATGATGGGTAGTTAAT > CP000730/323084‑323360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |