| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,124 | 0 | G | A | 61.5% | 145.2 / 281.9 | 239 | A143V (GCT→GTT) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/41); new base A (73/74); total (124/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC > CP000730/35984‑36264 | tATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCa > 2:105196/1‑141 (MQ=255) cTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc > 2:89746/1‑141 (MQ=255) cTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc < 2:199807/141‑1 (MQ=255) cTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCACTGc < 2:93265/141‑1 (MQ=255) ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa > 2:79193/1‑141 (MQ=255) tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc > 2:44827/1‑141 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc < 2:58133/141‑1 (MQ=255) ccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCt < 2:208089/139‑1 (MQ=255) cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt < 2:39892/141‑1 (MQ=255) gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc > 1:275723/1‑141 (MQ=255) aTTGATCCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt < 2:234622/141‑1 (MQ=255) ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt > 2:72333/1‑141 (MQ=255) gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGa > 2:63122/1‑141 (MQ=40) tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg > 1:102158/1‑141 (MQ=255) aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGatgg < 1:107042/141‑4 (MQ=255) cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGt < 1:122422/141‑1 (MQ=255) cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt < 2:18460/141‑1 (MQ=40) ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc < 2:95464/141‑1 (MQ=255) ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc < 2:203020/141‑1 (MQ=255) ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc > 1:4501/1‑141 (MQ=38) atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg > 1:278651/5‑141 (MQ=255) tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGCTGTTTAAAGAACAAT‑AGAGTTAATTTTTGAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGa > 1:288240/4‑141 (MQ=11) tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCGGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa > 2:152376/1‑141 (MQ=255) tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa < 2:281656/141‑1 (MQ=255) cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt < 1:56797/141‑1 (MQ=255) cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt > 1:62034/1‑141 (MQ=255) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg < 2:106122/141‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg > 1:34908/1‑141 (MQ=255) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg < 1:258530/141‑1 (MQ=255) gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa < 1:95220/141‑1 (MQ=255) tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt < 2:266401/141‑1 (MQ=255) tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc > 1:187334/1‑141 (MQ=255) tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc > 1:50248/1‑141 (MQ=255) tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc > 1:262104/1‑141 (MQ=255) tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc > 1:97830/1‑141 (MQ=255) cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc > 1:59176/1‑141 (MQ=255) aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt < 2:221044/141‑1 (MQ=255) aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt < 1:71640/141‑1 (MQ=255) tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTg < 2:50948/141‑1 (MQ=255) ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACCTGCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa > 1:281714/1‑141 (MQ=11) atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt < 2:196074/141‑1 (MQ=255) tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct > 2:226989/1‑139 (MQ=255) atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt < 1:105196/141‑1 (MQ=25) tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa < 2:148969/141‑1 (MQ=255) tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa < 1:161580/141‑1 (MQ=11) gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc < 1:197669/141‑1 (MQ=255) gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc < 1:222060/141‑1 (MQ=255) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc > 1:299922/1‑141 (MQ=255) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc < 2:204636/141‑1 (MQ=255) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACGAGG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa < 1:130743/141‑1 (MQ=255) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACACTG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTCATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa < 1:76080/141‑1 (MQ=11) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAGCTTTTGAGGTTTACCaaa > 1:291548/1‑141 (MQ=12) tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt < 2:74138/141‑1 (MQ=17) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACACTG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTCATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTCTAATTACCTTTCGCGGCTTACCAAATTGt > 2:178841/1‑141 (MQ=11) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt > 1:54936/1‑141 (MQ=12) cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt > 2:127100/1‑141 (MQ=11) cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt > 2:262195/1‑141 (MQ=11) cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAATACTTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt > 1:200096/1‑141 (MQ=11) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa < 2:132943/141‑1 (MQ=17) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa > 1:116100/1‑141 (MQ=17) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa < 1:249690/141‑1 (MQ=255) actgaaTGAGGTGATTCAGATATTTTGATGTACAATG‑GCAGTCAAGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACAATTGCTACCGACGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTATCaaaaaaaaaaa < 2:136250/137‑9 (MQ=11) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTTCCTTTTGAGGGTTACCAAATTGTTTAATg > 2:290177/1‑141 (MQ=255) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg > 2:189240/1‑141 (MQ=12) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCACGTTTCATTTTAAGAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCATTGAAAGTGCCTGATCTATAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATg < 2:221713/141‑1 (MQ=11) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga < 1:50054/141‑1 (MQ=12) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga < 1:218855/141‑1 (MQ=12) aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga > 2:253641/1‑141 (MQ=12) aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTNAGTTTAAANGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga < 1:205736/141‑1 (MQ=17) gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg < 2:246852/141‑1 (MQ=17) gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGTCTTACCAAATTGCTTAATGAGACg > 2:11231/1‑141 (MQ=11) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt > 2:61980/1‑141 (MQ=12) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt < 1:232500/141‑1 (MQ=12) ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt > 2:157426/1‑141 (MQ=17) ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt < 2:108778/141‑1 (MQ=12) ttATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg < 1:236918/141‑1 (MQ=12) ttATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg > 1:266690/1‑141 (MQ=255) aTTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt > 1:279705/1‑141 (MQ=11) gATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg < 1:233003/141‑1 (MQ=11) atTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat < 1:4261/141‑1 (MQ=11) tCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg < 2:215856/141‑1 (MQ=17) cGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc > 1:133572/1‑141 (MQ=12) aTGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg > 1:74805/1‑141 (MQ=11) gTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa > 2:34148/1‑141 (MQ=17) gTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa < 2:47428/141‑1 (MQ=32) tACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGATGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt > 2:115956/1‑141 (MQ=255) tACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt < 2:301155/141‑1 (MQ=17) tACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt > 2:62176/1‑141 (MQ=17) aCAATG‑GCAATCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTCTAACCATTACTACCTGCGTGGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAAACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg < 1:156408/141‑1 (MQ=11) cAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa > 2:282416/1‑141 (MQ=17) aaTG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAGAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTACAAATTGTTTTTTAAGATGTTTGATCAGAGGGTATGCTGAATGAt > 1:11038/1‑141 (MQ=11) aaTG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTAGGCTTTCCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt > 1:204043/1‑141 (MQ=11) g‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt > 1:81257/1‑141 (MQ=255) g‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt < 1:111088/141‑1 (MQ=11) ggattaagtttaaAAGCTTTAATTATTCTAGCCATTGCAGCGTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTGTCTCGTTgt > 2:287034/4‑140 (MQ=1) tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg < 1:282416/141‑1 (MQ=11) tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg < 2:57626/141‑1 (MQ=11) ttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATATGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt > 1:153152/1‑141 (MQ=11) ttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt < 1:83560/141‑1 (MQ=14) gCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTccc > 2:16526/1‑141 (MQ=255) | AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC > CP000730/35984‑36264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |