| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,124 | 0 | G | A | 61.6% | 72.5 / 180.4 | 161 | A143V (GCT→GTT) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/31); new base A (47/51); total (78/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC > CP000730/35984‑36264 | aaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAg > 2:214858/1‑141 (MQ=255) ggaTTCTTTGCCATATTGATACTTTCGGAACTTGTCTTTGTTACTTTAATATGACGGTGATCATGCTCGGTGAGGTTATTCTGATATTTCGATGTACTAT‑GACAGTCAGGTTTAAGATTAAAAGATTTAATTATTTTAGcc > 2:73359/3‑141 (MQ=255) gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc < 1:30172/141‑1 (MQ=255) gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCAAATGTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc < 1:115374/141‑1 (MQ=11) aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt > 2:27852/1‑141 (MQ=255) aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTAAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt > 2:118808/1‑141 (MQ=255) ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt > 1:184490/1‑141 (MQ=255) ttCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAtt > 1:163362/1‑141 (MQ=255) tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg > 2:128405/1‑141 (MQ=255) cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc < 2:80907/141‑1 (MQ=255) tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt > 1:31486/1‑141 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTTATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc > 2:46161/1‑141 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc > 2:150397/1‑141 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc < 2:3190/141‑1 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc < 2:72181/141‑1 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc < 2:42376/141‑1 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc < 2:129452/141‑1 (MQ=255) cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt > 2:51287/1‑141 (MQ=255) tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg < 2:203068/141‑1 (MQ=255) gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa < 1:93513/141‑1 (MQ=255) ccTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTCAGTTTACAAGCTTTATTTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAgg < 2:77906/140‑1 (MQ=255) aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAgg > 1:217793/1‑141 (MQ=40) tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg > 1:22792/1‑141 (MQ=255) tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc > 1:79653/1‑141 (MQ=255) tACGTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGTTGTTGGTGCCTGa > 2:188879/1‑141 (MQ=11) tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa > 2:128822/1‑141 (MQ=255) tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa > 1:92211/1‑141 (MQ=255) tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa > 2:36715/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt > 2:159020/1‑141 (MQ=255) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTGGCTGTACGGG‑GGAAGACTGACAAAAGGGGGAGAGCTGTAATTACTTTAACCATTGCTAGCTTCTTTGAAGGTGCCTGATCTg > 1:77935/1‑141 (MQ=2) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg > 1:212890/1‑141 (MQ=255) tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTTAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt > 2:51137/1‑141 (MQ=255) gTCTTTCTTACTTTACTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa < 1:171251/141‑1 (MQ=255) tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAACGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt < 1:208684/141‑1 (MQ=255) cttACTTTAATATGACGGTGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc > 1:175255/1‑141 (MQ=255) ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt < 1:186800/141‑1 (MQ=255) tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtt < 2:150983/141‑1 (MQ=255) tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg > 2:40863/1‑141 (MQ=255) ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGa > 1:63994/1‑141 (MQ=255) ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa > 1:28292/1‑141 (MQ=35) atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt > 2:180928/1‑141 (MQ=255) atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc < 1:126846/141‑2 (MQ=255) tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt > 2:29409/1‑141 (MQ=255) gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc < 2:164373/141‑1 (MQ=25) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc > 1:10146/1‑141 (MQ=21) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc < 2:206853/141‑1 (MQ=255) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc > 1:73466/1‑141 (MQ=11) ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTGATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa < 2:217976/141‑1 (MQ=255) ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa < 1:28864/141‑1 (MQ=16) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa < 2:22360/141‑1 (MQ=17) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa < 1:75452/141‑1 (MQ=255) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATGTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa < 2:194028/141‑1 (MQ=12) tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt > 1:42725/1‑141 (MQ=12) aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg < 2:67249/141‑1 (MQ=12) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt > 2:186335/1‑141 (MQ=12) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt < 1:143485/141‑1 (MQ=17) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt > 2:221381/1‑141 (MQ=12) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt > 2:40337/1‑141 (MQ=12) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGATACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt > 1:176157/1‑141 (MQ=255) ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt < 1:190424/141‑1 (MQ=17) tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTa > 1:126353/1‑141 (MQ=11) tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa < 2:152973/141‑1 (MQ=32) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa < 2:121219/141‑1 (MQ=12) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa > 2:209350/1‑141 (MQ=12) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg < 2:147888/141‑1 (MQ=17) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg < 2:174289/141‑1 (MQ=17) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg < 2:121268/141‑1 (MQ=17) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga > 2:90589/1‑141 (MQ=12) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga > 1:218538/1‑141 (MQ=12) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga < 1:72061/141‑1 (MQ=12) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACAAAATTGTTTAATga < 1:192427/141‑1 (MQ=255) gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg < 2:53119/141‑1 (MQ=12) gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg > 1:200431/1‑141 (MQ=12) gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg > 2:23411/1‑141 (MQ=12) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt < 1:174522/141‑1 (MQ=12) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt > 2:56415/1‑141 (MQ=11) ttATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCCGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg < 2:33302/141‑1 (MQ=11) tATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa < 1:157832/141‑1 (MQ=11) aTTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt < 2:165628/141‑1 (MQ=11) aTTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt < 2:188488/141‑1 (MQ=11) ttCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa < 2:19838/141‑1 (MQ=17) tCAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa > 1:204790/1‑141 (MQ=12) cAGATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa > 1:75752/1‑141 (MQ=12) cAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa > 2:157425/1‑141 (MQ=11) aGATATTTCGATGTACAAG‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTATAACCACTACTACCTTCGTTAAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAAGTTTACCAAATTGTTTAAGGAAACGTTTGATAAAc < 2:201095/141‑1 (MQ=11) aGATATTTCGATGT‑CATTGGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaagc < 1:68849/141‑3 (MQ=11) gATATTTCGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg > 1:128253/1‑141 (MQ=17) atatTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc > 1:52595/1‑141 (MQ=11) cGATGTACAAT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc < 2:155602/141‑1 (MQ=17) cGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc < 1:170237/141‑1 (MQ=11) aTGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg > 1:161468/1‑141 (MQ=11) cAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa < 1:42506/141‑1 (MQ=11) cAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa > 1:35110/1‑141 (MQ=32) aaT‑GGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt < 1:46161/141‑1 (MQ=2) t‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa > 1:189167/1‑141 (MQ=11) catgtagatttaagtttaaAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAtct < 2:8375/133‑1 (MQ=0) tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg > 2:12629/1‑141 (MQ=2) tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg > 2:142186/1‑141 (MQ=2) aGCCATTGCTGCCTTCGTTGAATGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc < 1:145354/141‑1 (MQ=255) aGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc < 1:85219/141‑1 (MQ=255) | AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAT‑GACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC > CP000730/35984‑36264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |