| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,373,714 | C→T | 33.2% | G21D (GGT→GAT) | pbuG ← | NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,373,714 | 0 | C | T | 33.2% | 53.7 / 33.8 | 46 | G21D (GGT→GAT) | pbuG | NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/19); new base T (9/6); total (20/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
CAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTT > CP000730/2373574‑2373854 | cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATAc > 1:27311/1‑141 (MQ=255)cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATAc > 2:66488/1‑141 (MQ=255)cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATAc > 2:322967/1‑141 (MQ=255) gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAg > 2:265458/1‑141 (MQ=255) ctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAGCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGa < 2:444018/141‑1 (MQ=255) tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 1:93151/141‑1 (MQ=255) tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 1:184214/141‑1 (MQ=255) tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 1:282763/141‑1 (MQ=255) gCTACAAAGATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAGACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTa < 1:69030/141‑1 (MQ=255) tACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaaa < 1:334751/141‑1 (MQ=255) tACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaaa < 1:82251/141‑1 (MQ=255) ggCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTcc > 2:247453/1‑141 (MQ=255) ggCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTcc > 2:29506/1‑141 (MQ=255) ggCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGCTAACTGCTAACATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTcc > 1:240634/1‑141 (MQ=255) cACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCat > 2:307522/1‑141 (MQ=255) aCCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCata < 1:198947/141‑1 (MQ=255) ggTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTAt < 1:211920/141‑1 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaa > 1:65808/1‑141 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAAt < 1:322967/141‑1 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAAt < 2:27311/141‑1 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAAt < 1:66488/141‑1 (MQ=255) aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACg < 2:14959/141‑1 (MQ=255) aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACg < 2:392035/141‑1 (MQ=255) gCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGa > 1:253715/1‑141 (MQ=255) gCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGaa > 1:392378/1‑141 (MQ=255) cTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATg < 2:65808/141‑1 (MQ=255) cTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATg > 2:222637/1‑141 (MQ=255) tGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtt < 1:386750/141‑1 (MQ=255) tGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtt < 1:386743/141‑1 (MQ=255) aaaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt < 1:357919/141‑1 (MQ=255) cTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAGCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTCTTTTaa < 2:264794/141‑1 (MQ=255) cTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTaa < 2:242512/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt > 2:213979/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt > 2:459581/1‑141 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTATAATACCt < 1:365261/141‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCt < 1:352213/141‑1 (MQ=255) gCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTTAAATACCTTaa > 2:411344/1‑141 (MQ=255) gCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTTAAATACCTTaa > 2:394071/1‑141 (MQ=255) cTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATc < 2:211418/141‑1 (MQ=255) ataGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTta > 2:251154/1‑141 (MQ=255) ggCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGATCCTTTTTTTAAAATAGCTTAATATTTTAATATCATTCTtaata > 1:133644/1‑141 (MQ=255) gCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATGCCGCCTGAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTGCATATTTATCGAACTAGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAGTAGTTTAATATTATTCTtaataa < 2:303096/141‑1 (MQ=255) gCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaataa < 1:5844/141‑1 (MQ=255) gcaataaagaaGAAAGGTGTGAGAACGCATCAGATATAGCTTTTACAGTTTGTACCATATTTATCGACCTGAAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTAGTTTAAAATACCTTAATAGTATAATATCATGCTtcataa < 2:234547/132‑1 (MQ=255) a‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACaa > 2:94860/1‑141 (MQ=255) a‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACaa > 2:165490/1‑141 (MQ=255) aGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATATAATACAATatccaa > 2:122367/1‑136 (MQ=255) aGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaa > 2:145093/1‑141 (MQ=255) gATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGaa > 2:35670/1‑141 (MQ=255) ccGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCTAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACtct > 1:181645/1‑139 (MQ=255) | CAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTT > CP000730/2373574‑2373854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |