| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | USA300HOU_1314 ← | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,416,458 | 0 | A | T | 99.2% | 70.0 / ‑6.8 | 24 | I216N (ATT→AAT) | USA300HOU_1314 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (10/12); minor base G (1/0); total (12/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTC > CP000730/1416326‑1416594 | aCTCAATTATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGa < 2:158200/141‑1 (MQ=255) ttccttgTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAata < 2:70755/135‑1 (MQ=255) aTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAata < 2:79721/141‑1 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATAtt < 1:211309/141‑1 (MQ=255) cccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGAAGTCAAATAACCAGACGCAAACATACACCCTTGAATTGATTAATTTTTTATTGTTAAATTTTTTGACTTTCTTTTTAAATATATTTT‑TACTGACATTATTTCAATACAt > 2:93952/1‑141 (MQ=255) tttAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATGG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACtt < 1:135257/141‑1 (MQ=255) tttAATTGTGTTCTATATTTAATGAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACtt < 2:4204/141‑1 (MQ=255) tttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataat < 2:280342/141‑1 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAACAGATAAATACCACCGCGATCAATGATTTTACCTTTTTTTACAAGA‑AAGTGTTACGTGCAAGAGTTCAATACATGACTTACGAAAGGTGTGaaataca > 2:58966/1‑135 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACCTAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAtaataa < 1:9512/141‑1 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCATTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaat < 1:204086/141‑1 (MQ=255) aGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAcc < 2:252743/141‑1 (MQ=255) cGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTc > 2:197952/1‑141 (MQ=255) cGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGGTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGCGTGATAATATATAATGTATGACCATGttt > 1:26856/1‑140 (MQ=255) cAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAc > 1:35140/1‑141 (MQ=255) tGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaata > 1:247177/1‑141 (MQ=255) ctAATATTACCTCGTTCAATGATTTGCCATTCATTTAAAACATAAATG‑TACTAACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGACAATAAAAACTGTTTGACCATGTTCTAATGCAATCTGCTGTAATAAATCTAtt > 2:111397/2‑140 (MQ=255) aaTATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCAc < 1:44340/141‑1 (MQ=255) tCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAcc > 2:174115/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTTTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt < 2:173895/141‑1 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAGCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCTCTTGGTTACCGTTCAAAg > 1:14412/1‑141 (MQ=255) tcttTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgat > 1:83070/1‑141 (MQ=255) aaaCATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATGAACTGATTGATATCCATTACTTGATTACCGTTCAACGCATCCAATGATGCAACTg > 1:230608/1‑141 (MQ=255) aTAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATACAATGATGCAACTGGTTc > 1:89487/1‑141 (MQ=255) | ACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTC > CP000730/1416326‑1416594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |