| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 512,643 | A→G | 53.6% | intergenic (+711/‑150) | recR → / → rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 512,643 | 0 | A | G | 53.6% | 3.1 / 79.8 | 69 | intergenic (+711/‑150) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/12); new base G (23/14); total (43/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
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1:6710‑M1/43‑141 (MQ=255) tttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAACTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 2:208051‑M1/42‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc > 2:336159/1‑141 (MQ=255) ctTAAGCAATAACTTGAATTACTAACGAAGATCAATTTTGAAAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATAAATTCTTGTCGAGGAACAAGAA‑GAACATCGAAAACTGAATGGCAATATGAACAAGTTAATTcc > 2:187427/1‑141 (MQ=255) tAAGAAATAACTAGAATCACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:42772/141‑1 (MQ=255) aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 2:39061/1‑141 (MQ=255) 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2:178679‑M1/4‑141 (MQ=255) aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt > 2:287812/1‑141 (MQ=255) tGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa < 2:259509/141‑1 (MQ=255) tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAAATTAATTAGTATTTATGAGCAAATCgaa > 2:186896/1‑141 (MQ=18) tGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAACCATTATTTAGTAGTTTTGAGCTAATCCACcatc > 1:146092/1‑141 (MQ=18) taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa < 2:397906/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |