| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 51.6% | 79.0 / 230.0 | 168 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
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Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
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1:377566/141‑1 (MQ=12) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:810201/141‑1 (MQ=32) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc > 1:695946/1‑141 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAATACACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:896545/141‑1 (MQ=12) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc > 1:412363/1‑141 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGATGCCAATTTCGTGGCATGGCG‑ATAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:78287/141‑1 (MQ=12) cTTAACTTGCTAACATGATGCTAATTTCGGGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:411867/141‑1 (MQ=12) | AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |