| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,560 | T→C | 10.3% | R210R (CGT→CGC) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,560 | 0 | T | C | 10.3% | 203.9 / 10.1 | 84 | R210R (CGT→CGC) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/36); new base C (4/5); total (43/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTG > CP000730/111422‑111699 | tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 1:42767/141‑1 (MQ=255)tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa > 1:119914/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaaa > 1:385954/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTACCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAGGATGATTGTAATGTAAAACAATTACGCaaaa > 2:432554/1‑141 (MQ=18) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGat < 1:790617/141‑1 (MQ=255) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGat < 1:213639/141‑1 (MQ=255) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGat < 1:232800/141‑1 (MQ=255) tttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGatat > 1:667110/1‑141 (MQ=255) tttGCGCAAAGTAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATGATGTAAAACAATTACGTAAAAGatct > 1:578154/1‑139 (MQ=255) gcgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTCATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGAc < 1:540883/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGGTATTCGGCTAAAGATGAAGTAACTAATGACGCTACCATGGTAAAACAATTAAGCAAAAGATATGata > 1:694151/1‑139 (MQ=14) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGatat < 1:691751/141‑4 (MQ=14) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACaa > 1:635318/1‑140 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt < 1:688500/141‑1 (MQ=255) gcAATAGTGCTATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGTTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGCGTCATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAACACAATCACGCAAAAgatatgatat < 2:5015/141‑1 (MQ=14) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGatgta > 1:590731/1‑137 (MQ=255) ataACAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaa < 2:134844/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacga < 1:100577/141‑6 (MQ=11) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa < 1:373799/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGAGTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa < 2:120513/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCGAGAGGTGTCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAACGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATa < 1:581597/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATa < 2:60480/141‑1 (MQ=255) ttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAg < 2:65312/141‑1 (MQ=255) aaTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCt > 1:617196/1‑141 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 2:643269/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 2:617470/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAAATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTACAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 1:579346/141‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt > 1:486073/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGAAATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGACATGACATACCAACAACTAAAGCGCCGAAACtgt > 2:442922/1‑141 (MQ=255) gAACTATCAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgtt < 1:78560/141‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:700443/141‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:523826/141‑1 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCGGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAGTATAATGTAAAACAATTACGTAACAGATATGACATACCAATAAATAAAGCTCCGAAGCTGCTCTTGAAAg > 2:115515/1‑141 (MQ=17) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACACTTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:115253/1‑141 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg‑gg < 2:511496/141‑1 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCCGTTGTTGAAAGGTACAg‑gg > 2:249271/1‑141 (MQ=255) aatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGAGAGGACATACCAACTAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg‑gg < 1:112114/140‑1 (MQ=255) tatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGaa < 2:412258/141‑1 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAAtt < 2:318436/141‑1 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATACCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTCGTTGAAAGCAACAG‑GGAATTTa > 2:583547/1‑141 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGCTAGTCAGCCCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAAtaaa > 2:354138/1‑138 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGtt < 2:610774/141‑1 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGCATTTAAAAGGTtc > 1:125949/1‑141 (MQ=255) accAGAGGTGTCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTtc < 2:194897/140‑1 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTtca > 2:296442/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGT‑AAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTtcat < 1:298004/141‑1 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGATGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGGtcat > 2:254816/1‑141 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTtcatca < 1:266755/141‑1 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAg > 2:763095/1‑141 (MQ=255) ggTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGt > 1:616771/1‑141 (MQ=255) ggTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGt > 1:431045/1‑141 (MQ=255) ggTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGt > 1:120946/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:648144/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCGGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTGGGa > 2:498048/1‑141 (MQ=255) gggaTTGAGCTCAATATGAATTAACTAAGGATGATTAGAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCAGAAGCTGTTGTTTAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGatgaa > 2:694391/4‑138 (MQ=14) gTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATGAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTAATCAGTTGGAtat‑a > 2:566040/1‑141 (MQ=255) gTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGAtat‑a > 1:776411/1‑141 (MQ=255) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑aaaaaaa < 1:45322/141‑1 (MQ=255) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAAt < 2:604056/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAAt < 1:521359/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATGGAAt > 1:335004/1‑141 (MQ=255) atCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTa > 1:603091/1‑141 (MQ=255) aaTTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACtt > 1:11004/1‑141 (MQ=255) aTTAACTAATGATGATTAAAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACttt < 2:448951/141‑1 (MQ=255) cTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTAATCAGCTGGATAT‑AAAAAAATTAAATTTACTTTTTTag > 2:60940/1‑141 (MQ=255) agatgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGaa < 2:123730/140‑1 (MQ=255) agatgatTATAAAGTAACACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGaa < 2:2527/140‑1 (MQ=255) atgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATa > 1:764230/1‑141 (MQ=255) tgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaa > 1:86015/1‑141 (MQ=255) gatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTAACTTTTTTAGAGCATaaa > 1:155910/1‑141 (MQ=255) ataATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAGGAGGGGCATCAGTCGG‑TATAAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATg < 1:778576/141‑1 (MQ=18) aTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaaa < 1:643128/141‑1 (MQ=255) aTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTGGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaaa > 1:748653/1‑141 (MQ=255) gTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCTTTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACCTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAat < 1:576650/141‑1 (MQ=255) tAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAata > 1:434773/1‑141 (MQ=255) aaaCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtt > 1:756441/1‑141 (MQ=255) aaaCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTAAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCAGCAGCTCAATAT‑AAAAAAATTGAATTTACNTCTNTNGCGTATAAAAATGAAAagatc > 1:552790/1‑140 (MQ=17) aaCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAGGGTTAATAGACTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAttt > 1:537703/1‑141 (MQ=21) cAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttac < 2:635318/141‑1 (MQ=255) cAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttac < 2:518706/141‑1 (MQ=255) aTTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAAAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAAAAtttactt > 2:201510/1‑141 (MQ=255) cGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATttactttact > 2:508588/1‑141 (MQ=255) gTAAAAGATATGACATACCAATAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGCGGAGAGGGACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTg < 2:671391/141‑1 (MQ=21) gTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCCCAGAACTTG‑AGTTAGAACGGACGGAGGAAATTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTg > 1:379681/1‑141 (MQ=17) | TAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAG‑GGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATAT‑AAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTG > CP000730/111422‑111699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |