| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,532,298 | A→T | 100% | T15T (ACA→ACT) | USA300HOU_2392 → | FemAB family peptidoglycan biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,532,298 | 0 | A | T | 100.0% | 308.5 / ‑6.5 | 100 | T15T (ACA→ACT) | USA300HOU_2392 | FemAB family peptidoglycan biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (45/53); minor base G (1/0); total (47/53) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCA > CP000730/2532164‑2532433 | gtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTATCGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAg < 1:276518/141‑1 (MQ=255) tttGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑t < 1:502235/141‑1 (MQ=255) gTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑tttt > 1:589315/1‑141 (MQ=255) gTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑tttt < 2:1095658/141‑1 (MQ=255) 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2:1056292/138‑1 (MQ=255) ttGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGAtt < 1:326169/141‑1 (MQ=255) ttGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGAtt < 2:815612/141‑1 (MQ=255) ttGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGAtt < 1:816550/141‑1 (MQ=255) ttGACTGCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCC‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGAtt < 1:1104085/141‑1 (MQ=255) aCTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCa < 2:634670/141‑1 (MQ=255) 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1:790492/1‑141 (MQ=255) gAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTa < 1:712020/141‑1 (MQ=255) gAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTa < 1:890568/141‑1 (MQ=255) aGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTTTTTTTTTTTACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTAt > 2:844119/1‑141 (MQ=255) aGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCATTTTTTACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGATGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGTAGGGTGCGTAt > 2:497284/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGCGTTTACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTCCAATCATAGAGTTGATTTCAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTAtt > 2:548123/1‑141 (MQ=255) 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1:53686/141‑1 (MQ=255) gTTTACTACAAAGCA‑TTTTACACATTACACACACTCAGCTATTCATTACAATCCTAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCACGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGagga > 1:517053/1‑138 (MQ=255) tttACTACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAgca > 1:692859/1‑141 (MQ=255) | GTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCA‑TTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCA > CP000730/2532164‑2532433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |