BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	32.3%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	32.3%	1021.4 / inf	949	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (350/288); new base T (158/149); total (511/438)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01

Only 100 of 956 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAA  >  CP000730/35979‑36254

ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATATTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                                                          <  2:500941/141‑1 (MQ=255)

 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                         >  2:376912/1‑141 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTGGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                                                      <  1:323176/141‑1 (MQ=255)

      aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                                                    >  1:981111/1‑139 (MQ=255)

      aGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACTGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAATCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGc                                                                                                                                    >  1:343221/1‑141 (MQ=11)

        tATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTGTTTTAGCCa                                                                                                                                  >  1:643140/1‑141 (MQ=255)

           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTCCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                               >  1:467487/1‑141 (MQ=255)

           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                               <  2:223119/141‑1 (MQ=255)

           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                               <  2:145736/141‑1 (MQ=255)

                ttcgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                          <  2:764802/138‑4 (MQ=255)

                gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                          <  1:692471/138‑4 (MQ=14)

                gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcc                                                                                                                          >  2:157240/4‑141 (MQ=255)

                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                          <  1:61066/141‑1 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGtt                                                                                                                    <  2:352892/141‑1 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGtt                                                                                                                    >  2:912047/1‑141 (MQ=255)

                       tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACAATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                   >  1:486591/1‑141 (MQ=255)

                        gATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                                  <  1:176944/141‑1 (MQ=255)

                         aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGaa                                                                                                                 >  2:261061/1‑141 (MQ=255)

                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                               <  2:892170/141‑1 (MQ=255)

                            cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGt                                                                                                              <  2:420320/141‑1 (MQ=255)

                             tttGATACCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTTACTGAGGTCATTCAGTTATTTTGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCCTCGTTGAAGGTg                                                                                                             <  2:277771/141‑1 (MQ=255)

                                gATACGTTGTCTATCTTACTTTAATATGACGGTCATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTAAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGTTG‑CCt                                                                                                         <  2:618402/141‑1 (MQ=11)

                                 atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTg                                                                                                        >  2:832114/5‑141 (MQ=255)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTg                                                                                                        >  2:562661/1‑141 (MQ=255)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTg                                                                                                        <  1:531732/141‑1 (MQ=255)

                                  tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGa                                                                                                       >  2:984736/4‑141 (MQ=255)

                                  tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTgg                                                                                                       >  1:426582/1‑140 (MQ=255)

                                  tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTCCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGa                                                                                                       >  1:892068/1‑141 (MQ=38)

                                    ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATc                                                                                                     <  1:558268/141‑1 (MQ=255)

                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTACCAGCTTTAATTACTTTACCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCt                                                                                                    <  2:812568/141‑1 (MQ=255)

                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCt                                                                                                    >  2:449813/1‑141 (MQ=255)

                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCt                                                                                                    >  1:764628/1‑141 (MQ=255)

                                      ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTG‑CCTGATCTg                                                                                                   >  1:860383/1‑141 (MQ=255)

                                      ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTg                                                                                                   <  1:444981/141‑1 (MQ=255)

                                       tgaaatttttATTTCAATATGCTGGTGATCTTGCTCAATCAGGTTATTCATATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGt                                                                                                  <  2:825870/133‑1 (MQ=11)

                                        gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTa                                                                                                 >  1:1048948/1‑141 (MQ=255)

                                         tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGaaa                                                                                                >  1:596412/1‑141 (MQ=255)

                                          ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAAt                                                                                               >  2:1005840/1‑141 (MQ=255)

                                          ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTaac                                                                                               <  1:151105/141‑2 (MQ=255)

                                          ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTAAGATATTTCGATGTGCAATGGCATTCAGGTTTAAGTTTCAAAGCGATAATTACTTTATTCATTGCTCCCTTCGTTGTAGGTG‑CCTGATCTGTact                                                                                               >  1:1085910/1‑139 (MQ=11)

                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAAtt                                                                                              <  1:827236/141‑1 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATTTTTTGATGTACAAGGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTGAATTAGGTTGGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGACCTGTAttttc                                                                                            >  2:436144/1‑139 (MQ=14)

                                              tttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTATAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTAcc                                                                                           <  2:649235/140‑1 (MQ=11)

                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTAcc                                                                                           <  1:309929/141‑1 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATGTGACGGTGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACGATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCGTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCt                                                                                          <  2:164776/141‑1 (MQ=11)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCt                                                                                          >  1:718529/1‑141 (MQ=255)

                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                        >  2:202058/1‑141 (MQ=255)

                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGATG‑CCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                        >  2:133499/1‑141 (MQ=255)

                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                       >  2:742758/1‑141 (MQ=255)

                                                       atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                                                  >  1:1000083/1‑140 (MQ=255)

                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtttt                                                                               >  2:519720/1‑140 (MQ=255)

                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAATGCTTTAATTACTTTAATCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                              >  1:477874/1‑141 (MQ=255)

                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                              >  2:729367/1‑141 (MQ=255)

                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGATTTAATTACTGTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTAc                                                                              >  2:946279/1‑141 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTAcc                                                                             >  2:46974/1‑141 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                             >  2:67129/1‑141 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                             >  1:994507/1‑141 (MQ=21)

                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                            <  1:127521/141‑1 (MQ=19)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                          >  1:389649/1‑141 (MQ=17)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                          >  1:957267/1‑141 (MQ=17)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATAATACGATGTACAACGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATCACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAATTTG‑CCTGATCCGTAAGTACTTTATCAGGTTTACCaaa                                                                          <  2:1058456/141‑1 (MQ=11)

                                                                agATCTTGCTCAATGAGGTTATTAAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACGTTGACCATTGCTAACTTCGTTCAACGTG‑CCTGATCTCTCATTACCCTATGAGGCTCACCaagt                                                                         >  2:295410/2‑139 (MQ=11)

                                                                  aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGGGGTTTACCAAATTg                                                                       >  1:936793/1‑141 (MQ=255)

                                                                  aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGAGCTTTAGTTACCTTTTGAGGTTTACCAAAttt                                                                       >  1:362832/1‑140 (MQ=11)

                                                                  aTCTTGCTCAATGAGGTTATTAGCATTTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                       >  1:1098461/1‑141 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTGAAGGTG‑NCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                      >  2:77769/1‑141 (MQ=255)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                     >  2:480275/1‑141 (MQ=17)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                     >  1:834984/1‑141 (MQ=17)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                     >  2:703540/1‑141 (MQ=12)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGACATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                     >  2:791464/1‑141 (MQ=255)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGAC‑ACTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                                    >  2:602092/1‑141 (MQ=11)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                                    >  1:797183/1‑141 (MQ=255)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                  >  1:1010673/1‑141 (MQ=11)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTAAGATATTTCTTTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTCACTACCTTTTGAGGCTTGCACACTTGTTTat                                                                  >  2:238112/1‑140 (MQ=11)

                                                                        cTCAATTAGGTCATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                                                 <  2:1032958/141‑1 (MQ=11)

                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                                                 <  1:873833/141‑1 (MQ=11)

                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                               <  2:245507/141‑1 (MQ=32)

                                                                            aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                             >  1:626796/1‑141 (MQ=11)

                                                                             tGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGGCAGCCAGGTCTACGTTTAAAACCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                            >  2:96575/1‑141 (MQ=11)

                                                                              gtggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAATATATGCTACCTTCGTTG‑AGATGCCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                           <  1:259681/139‑1 (MQ=11)

                                                                              gAGGTTATTCGGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                           <  2:633219/141‑1 (MQ=12)

                                                                              gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                           >  2:111013/1‑141 (MQ=12)

                                                                              gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                           >  1:506151/1‑141 (MQ=11)

                                                                               aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                          <  2:1095414/141‑1 (MQ=17)

                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAATAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                         >  1:582049/1‑141 (MQ=11)

                                                                                 gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTTCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                        >  2:1086068/1‑141 (MQ=255)

                                                                                 agtATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGC‑TTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTTTTTAATGAGACGTTTg                                                       <  2:864741/139‑1 (MQ=11)

                                                                                       cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGGTCTGTACTTACCTTTTGATGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAAGATTGATaaa                                                  >  2:189915/1‑141 (MQ=11)

                                                                                       cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                  >  2:315496/1‑141 (MQ=12)

                                                                                       cAGATATTTCGATATACAATGGCAGCCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CAGGAGATATAAGGACATTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                  >  2:335259/1‑141 (MQ=11)

                                                                                        aGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCATTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTGCCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAAAc                                                 >  2:590070/1‑141 (MQ=12)

                                                                                            agttCGATGTACAACGGCAGGTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                             <  2:928736/139‑1 (MQ=11)

                                                                                               tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                          <  1:215276/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                         <  1:915902/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTCGAAAAACGCATATGc                                         >  1:1074226/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                 gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGCAGTTTTGCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                        >  1:748042/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGTTGAATg                                   >  1:196793/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                       cactGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                  >  2:403312/4‑141 (MQ=11)

                                                                                                       cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                  >  2:683220/1‑141 (MQ=9)

                                                                                                       cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                  <  1:238772/141‑1 (MQ=11)

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAA  >  CP000730/35979‑36254

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`