| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,708,278 | A→G | 7.0% | intergenic (‑99/‑8) | USA300HOU_1601 ← / → USA300HOU_1602 | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,708,278 | 0 | A | G | 7.0% | 251.5 / 7.1 | 95 | intergenic (‑99/‑8) | USA300HOU_1601/USA300HOU_1602 | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/49); new base G (4/3); total (43/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
CATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAGC > CP000730/1708138‑1708416 | cATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGTAATAAGAGGa < 2:514066/141‑1 (MQ=255)cATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGa < 1:1046333/141‑1 (MQ=255) aCAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGAtttt > 1:879067/1‑141 (MQ=255) aCAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGAtttt > 1:562806/1‑141 (MQ=255) aCAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGAtgtt > 2:289107/1‑141 (MQ=255) aCAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCCATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGAtttt > 1:796303/1‑141 (MQ=255) aaGTGAACTCGATTCTTCTAATTTGTCTAATTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGATTTTa < 2:700282/140‑1 (MQ=255) gTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAACTGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGATTTTACa > 2:259635/1‑141 (MQ=255) aaTTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGGTTTTACAATg > 1:605431/1‑141 (MQ=255) aaTTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGGTTTTACAATg > 1:559604/1‑141 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tAAGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGttt > 1:854638/1‑141 (MQ=255) aaGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTa > 2:133605/1‑141 (MQ=255) agagGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTAc > 1:440507/1‑141 (MQ=255) gagGATTGTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACa < 1:801779/141‑1 (MQ=255) gggATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAg < 2:148941/140‑1 (MQ=255) agGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAg < 1:186273/141‑1 (MQ=255) agGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAg < 2:224136/141‑1 (MQ=255) ggATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGCGTTTCCAGc > 2:833221/1‑141 (MQ=255) ggATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAGc < 1:132941/141‑1 (MQ=255) | CATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAGC > CP000730/1708138‑1708416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |