BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	32.1%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
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*	CP000730	36,119	0	C	T	32.1%	636.0 / inf	608	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (217/192); new base T (90/105); total (311/297)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01

Only 100 of 616 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCA  >  CP000730/35979‑36245

 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                               >  2:270438/1‑141 (MQ=255)

   tAAAGTATTCTTTGACGTATTAATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGACGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAtttt                                                                                                                             >  2:525166/1‑141 (MQ=14)

         aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCAt                                                                                                                       >  1:119370/1‑141 (MQ=40)

           tttttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTg                                                                                                                     <  2:716214/139‑1 (MQ=255)

           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                     >  2:358802/1‑141 (MQ=255)

           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTAATTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGAAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                     <  2:14569/141‑1 (MQ=255)

            ttttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                    <  2:612318/140‑1 (MQ=255)

            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                    <  2:652472/141‑1 (MQ=255)

            cTTTGCCTTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                                    <  1:266376/141‑1 (MQ=255)

              ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACG‑GTGAACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                                                  >  2:469043/1‑141 (MQ=255)

              ttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTAAAAGTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtg                                                                                                                  >  1:398715/1‑140 (MQ=14)

                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                <  1:546987/141‑1 (MQ=255)

                   gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATAT‑ACGAGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTc                                                                                                             >  1:338295/1‑141 (MQ=255)

                    tATTTATACTTTGATATCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCg                                                                                                            <  2:699844/141‑1 (MQ=14)

                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                                            >  2:709688/1‑141 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGCTCGTTGTCGGTTAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                          <  1:747799/141‑1 (MQ=14)

                      ttGATACTTTGACACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTAACTGCGGTTACTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTAAGGTTTAAGTCTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                          >  2:215518/1‑141 (MQ=14)

                       tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGCCG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTACCCATTTCTACCTTCGTTg                                                                                                         >  1:367117/1‑141 (MQ=255)

                       tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                         <  2:423570/141‑1 (MQ=255)

                        gATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                        <  2:635597/141‑1 (MQ=255)

                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                      >  2:285269/1‑141 (MQ=255)

                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                      >  2:692477/1‑141 (MQ=255)

                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                      <  1:261178/141‑1 (MQ=255)

                           aCTTTGATATCTTGTCCTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                     <  1:226192/141‑1 (MQ=255)

                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                     <  1:199347/141‑1 (MQ=255)

                            cTTTTATATCTTGTCTTTCTTCCTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGt                                                                                                    <  2:576940/141‑1 (MQ=11)

                             tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                   <  2:117231/141‑1 (MQ=38)

                               tgatctcctGTCGTTCTTACTCAAATAGGACG‑GTGAGCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                 <  1:15175/133‑1 (MQ=11)

                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                >  1:30781/1‑141 (MQ=255)

                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                >  1:247119/1‑141 (MQ=255)

                                 atttcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCATTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                               <  2:757758/137‑1 (MQ=255)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                               >  1:178627/1‑141 (MQ=255)

                                  tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTCTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                              >  1:13876/1‑141 (MQ=255)

                                  tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                              >  1:479400/1‑141 (MQ=255)

                                   aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                             >  2:587083/1‑141 (MQ=255)

                                   aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                             >  2:299014/1‑141 (MQ=255)

                                      ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCtt                                                                                          >  1:425639/1‑140 (MQ=255)

                                      ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                          >  1:353350/1‑141 (MQ=255)

                                        gTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGGTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTGGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                        <  2:440804/141‑1 (MQ=255)

                                         tctttcttACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                       >  2:743169/1‑141 (MQ=255)

                                         tctttcttACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                       <  1:658626/141‑1 (MQ=255)

                                           tttcttACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                     >  1:211441/1‑141 (MQ=255)

                                           tttcttACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                     <  1:41711/141‑1 (MQ=255)

                                            ttcttACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                    <  1:650796/141‑1 (MQ=255)

                                              cttACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                  <  2:100074/141‑1 (MQ=255)

                                                 aCTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                               >  2:88411/1‑141 (MQ=255)

                                                  ttttAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                              <  2:310289/140‑1 (MQ=255)

                                                  cTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGCGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTCAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                              >  2:123481/1‑141 (MQ=11)

                                                     tAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTAAg                                                                           >  1:711759/1‑141 (MQ=255)

                                                       atgtGACG‑GGGATTTTGCTCAATGAGGTTGTTTAATTATTTCGATGTACGATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGGTTTGATTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGCTGAAGGTGGCTGCTCTGTAATTAGCTTTTGAggg                                                                         <  2:392111/138‑2 (MQ=11)

                                                       atagGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                                         <  2:186360/141‑1 (MQ=255)

                                                        tatGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACATTGGAAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttttagtgtt                                                                        >  2:201233/1‑135 (MQ=11)

                                                         atGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGAACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGctt                                                                       >  2:411465/1‑141 (MQ=11)

                                                          tGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                      >  1:444354/1‑141 (MQ=255)

                                                           gACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTGAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                     <  1:295541/141‑1 (MQ=11)

                                                            aCG‑GTGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATAGTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                    <  2:139287/141‑1 (MQ=11)

                                                            aCG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGGTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAGTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                    <  2:56711/141‑1 (MQ=255)

                                                            aCG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTGcc                                                                    >  1:32035/1‑141 (MQ=255)

                                                             cG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTGTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTTTATCTACCTTTTGAGGATTACCa                                                                   >  2:619969/1‑141 (MQ=11)

                                                              cagttaTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTCGGTTTACCa                                                                   <  1:562395/136‑1 (MQ=11)

                                                                gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                 >  2:500566/1‑141 (MQ=255)

                                                                gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                 <  2:238871/141‑1 (MQ=11)

                                                                 tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                                <  1:49286/141‑1 (MQ=12)

                                                                 tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                                >  1:507094/1‑141 (MQ=12)

                                                                  gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAtt                                                               >  1:725014/1‑141 (MQ=11)

                                                                   aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAttt                                                              >  1:578424/1‑140 (MQ=17)

                                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                             >  2:662342/1‑141 (MQ=12)

                                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                            <  2:48010/141‑1 (MQ=17)

                                                                      ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                           >  1:501132/1‑141 (MQ=255)

                                                                        gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTGCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                         <  1:194525/141‑1 (MQ=11)

                                                                            aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTATAATTACCTTTTGAGGTTTTCCAAATTGTTTAATgag                                                     >  1:697316/1‑141 (MQ=255)

                                                                             aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                    >  1:59786/1‑141 (MQ=17)

                                                                               gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                  <  1:100419/141‑1 (MQ=255)

                                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                 >  1:665066/1‑141 (MQ=17)

                                                                                aGGTTATTCAGATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAGGAGACGt                                                 <  2:243589/141‑1 (MQ=255)

                                                                                  gTTATTCAGATAATTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAGCTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                               >  1:542390/1‑141 (MQ=11)

                                                                                    tATTCAGATATTTCGCAGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                             >  2:545377/1‑141 (MQ=11)

                                                                                    tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                             <  2:338051/141‑1 (MQ=17)

                                                                                        cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                         >  2:363889/1‑141 (MQ=12)

                                                                                        cAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                         <  2:489200/141‑1 (MQ=11)

                                                                                          gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGCATGATCGGCAAATAGCGTTTTAGTTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                       >  2:733712/1‑141 (MQ=11)

                                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAAACGc                                      >  2:397416/1‑141 (MQ=12)

                                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                      >  2:352409/1‑141 (MQ=12)

                                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                      >  1:111524/1‑141 (MQ=12)

                                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTAAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTAAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTAATAAACGc                                      >  2:324371/1‑141 (MQ=11)

                                                                                           atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGTGACGTTTGATAAACGc                                      <  1:381350/141‑1 (MQ=11)

                                                                                             atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                    <  2:149943/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                 <  2:45345/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                 >  1:621793/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                 cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                <  1:462789/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                 cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                <  1:279422/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                  tcgttACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                               >  2:7757/5‑141 (MQ=12)

                                                                                                    tGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGTCATTGCTACTTTCGTTGAATGTTCTTAATCTGTTTTCATAATTCGATGTTTACCAAATTGTTTACTGAGAAGTTTGATAAACGCatagtgtga                             >  1:145131/1‑135 (MQ=2)

                                                                                                     gTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATGTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa                            >  2:554224/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                      tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                           >  1:678825/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                       aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGGCACGTGTGATAAACGCATATGCTGAATg                          <  2:164626/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                       aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                          >  2:68154/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                         aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                        <  1:487766/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                       >  1:525952/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                           tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                      <  2:256046/141‑1 (MQ=255)

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACG‑GTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCA  >  CP000730/35979‑36245

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`