| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | USA300HOU_1531 ← | M24B family Xaa‑Pro dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 152.8 / NA | 47 | A155G (GCA→GGA) | USA300HOU_1531 | M24B family Xaa‑Pro dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (26/21); total (26/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTAT > CP000730/1646051‑1646313 | atTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGcctcct > 1:196819/1‑141 (MQ=255) ttttATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCGTTTAATT‑CTTTTTCATTCATGCCTCCtt > 1:533493/1‑141 (MQ=255) tCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTaca > 1:1639/1‑141 (MQ=255) cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCATCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTGAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 1:464946/141‑1 (MQ=255) cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTccaa > 1:566074/1‑141 (MQ=255) cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa > 1:752903/1‑141 (MQ=255) aaCACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaa > 2:584452/1‑141 (MQ=255) ccATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAata > 1:219814/1‑141 (MQ=255) gTAATGCACCTCTATGACCAGTTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCat < 1:539989/141‑1 (MQ=255) tGCACCTCTTGGACCAGGTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTTCTAATTCTAGCATTTTGTTTTCTCCTCTT‑CCGTCATTTGCTGTTGCAGTCTTGGCTCCTTTTACAACAGTTTTATTATGTTCATATGt < 2:161754/141‑1 (MQ=255) cACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCAAACATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGttt > 2:655613/1‑141 (MQ=255) ctctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCCCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtaat > 2:466912/1‑141 (MQ=255) ctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatca < 1:558764/141‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTTATGCCTCATTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAat > 2:380621/1‑141 (MQ=255) gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCGGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTCGTAGTGCCTTTAATG‑CTTTTTCAGTCTGGCCTCCTGGCACAGCAGATAAAATATATTCATCTGTTCCATCAACCATATTAtct > 2:349750/1‑141 (MQ=255) atcgtatcgtATTATTGTCCATCTGCGCCTAATTCTACCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:129688/141‑1 (MQ=255) aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:456643/141‑1 (MQ=255) aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAt > 2:207947/1‑141 (MQ=255) cGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATGAGCTGCTTTTTGACTTa > 2:515153/1‑141 (MQ=255) atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAg < 2:328723/141‑1 (MQ=255) atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAg > 1:242195/1‑141 (MQ=255) gatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCa > 1:585969/1‑141 (MQ=255) tgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAATAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTTGCTGCCTTTTGAATTAAATCAAt > 2:490871/1‑141 (MQ=255) aTCTTCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTc < 2:679500/141‑1 (MQ=255) cTGCTCCTAATTTTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAg < 2:575859/141‑1 (MQ=255) gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCa > 2:241797/1‑141 (MQ=255) gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCa > 2:239233/1‑141 (MQ=255) acttCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTg < 1:392662/139‑1 (MQ=255) aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTg < 2:667100/141‑1 (MQ=255) ttCTTGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGAc < 2:517323/141‑1 (MQ=255) tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACg < 2:730080/141‑1 (MQ=255) tAGCATTTTGCTTTCTAATAATGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTGTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTAGAATTAAAGCAATTTCGTTAGCATCTTTGACGtc > 1:467213/1‑141 (MQ=255) gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc > 1:481574/1‑141 (MQ=255) cATTTTCGTTTCGCATATTGCCTTTCATT‑GTTTTTCATTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTctct < 2:664756/141‑1 (MQ=255) cTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAttttt > 2:397486/1‑140 (MQ=255) tatTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGt < 2:32851/141‑1 (MQ=255) tatTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGt < 1:207947/141‑1 (MQ=255) ttGCCTTTAGTT‑CTTTTGCAGTCATCCCTCCTTTTACAACAGTTAATTTATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt < 2:6727/141‑1 (MQ=255) gCCTTTAATT‑CTGTTTCAGTCATGCCTCATTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTGTTGAATGAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAttt > 2:507518/1‑140 (MQ=255) ccTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCACCAGTATTAg > 2:30375/1‑141 (MQ=255) cTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGa < 1:700949/141‑1 (MQ=255) tAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAAt > 1:543217/1‑141 (MQ=255) aaTT‑CTTTTTCAGTCCTGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCCACAGTATTAGAAATg < 1:207139/141‑1 (MQ=255) aTT‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGAATTAGAAATGc > 2:597039/1‑141 (MQ=255) tt‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt < 1:98064/141‑1 (MQ=255) tt‑CTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGAAATTTCGTCAGAATCTTTGAAGTCTCTAATTTTATTTACAGTATTAGAAATGCt > 2:744016/1‑141 (MQ=255) cTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCtta > 2:485072/1‑141 (MQ=255) tttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAGCAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttat < 2:668472/141‑1 (MQ=255) | ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATT‑CTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTAT > CP000730/1646051‑1646313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |