| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,105 | T→A | 6.5% | intergenic (+157/+375) | USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,105 | 0 | T | A | 6.5% | 177.1 / 2.4 | 61 | intergenic (+157/+375) | USA300HOU_2536/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/26); new base A (2/2); total (33/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
GAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGA > CP000730/2679967‑2680245 | gAACGTTTCAATTTCCGTTATGCGTGTGATAGAATTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtatat < 1:347123/141‑1 (MQ=255) aCGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCGTAATCtatat‑at > 2:624711/1‑141 (MQ=255) aCGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtatat‑at < 2:329884/141‑1 (MQ=255) aCGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtatat‑at < 2:712870/141‑1 (MQ=255) 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2:33779/1‑141 (MQ=255) aaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTc < 2:676199/141‑1 (MQ=255) aTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCCTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCt < 1:39866/141‑1 (MQ=255) tttCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTTTTCTa > 1:702189/1‑141 (MQ=255) tttCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTa > 1:304389/1‑141 (MQ=255) tttCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTa > 1:502967/1‑141 (MQ=255) 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2:746177/141‑1 (MQ=255) cGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATATTTAGTATAGTATCTTTGTTATCACGTTCATC‑AGTGTGGAAATAATTCGCTATCCTCTGTCATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTg < 2:350155/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:470687/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:461613/141‑1 (MQ=255) cttcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCg < 1:213309/141‑1 (MQ=255) cttcttcAACTATTAGTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCg < 1:213139/141‑1 (MQ=255) 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> 2:446534/1‑132 (MQ=255) tCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTT‑AATAACTATTTT‑CTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt < 2:304389/141‑1 (MQ=255) ttat‑ataAATTTTTATGCTATTATTTAATTAATTCGCTATAACTTAACATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg < 2:59289/140‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGGTGTTATTTGAGTAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg > 1:185125/1‑141 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATCCGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑CATCAACTTTTG‑CTGCGTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg < 2:735278/141‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTTGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttttta > 2:141951/1‑140 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 1:624711/141‑1 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 2:687252/141‑1 (MQ=255) | GAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGA > CP000730/2679967‑2680245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |