| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,002,200 | T→G | 90.9% | M173R (ATG→AGG) | mecA2 → | competence negative regulator MecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,002,200 | 0 | T | G | 90.9% | 192.4 / 5.1 | 62 | M173R (ATG→AGG) | mecA2 | competence negative regulator MecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base G (33/23); total (35/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
AAGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGA‑AGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTAA > CP000730/1002062‑1002338 | aaGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGACATTTAACGATTTAGA‑AGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAggg < 1:352112/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTCAGGACGTAAAAATACAAGAATAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGA‑AGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttatt < 1:503595/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGA‑AGATGTTATTAATTATGCATATCATACCAATCCAGTAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttatt > 1:451158/1‑141 (MQ=255) cgacTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGA‑AGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttattatt > 2:374900/4‑141 (MQ=255) 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2:325143/1‑141 (MQ=255) tttGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGtctat < 1:439904/141‑1 (MQ=255) tttGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGAGAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGtttat < 2:487328/141‑1 (MQ=255) ttGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGtttatt > 2:192073/1‑141 (MQ=255) tGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGtttattt > 1:280034/1‑141 (MQ=255) gAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGtttattta > 1:496481/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACt > 2:389732/1‑141 (MQ=255) ttATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATgtgtat > 2:349874/1‑136 (MQ=255) ttATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTAt > 2:186289/1‑141 (MQ=255) tatagGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCt < 1:303864/141‑1 (MQ=255) tatGGTTGATGGTACTTATGATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTaa < 1:9227/141‑1 (MQ=255) | AAGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGA‑AGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTAA > CP000730/1002062‑1002338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |