| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 2,709,677 | Δ12 bp | 94.7% | coding (1239‑1250/1812 nt) | USA300HOU_2562 ← | possible acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP000730 | = 2709676 | 4 (0.050) | 81 (1.090) | 61/260 | NT | 94.7% | coding (1251/1812 nt) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| ? | CP000730 | 2709689 = | 5 (0.070) | coding (1238/1812 nt) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase | |||||
ACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCT > CP000730/2709550‑2709829 | agtaaagacattaccaatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttatt > 1:642801‑M2/140‑141 (MQ=255) agatattacctatatccaccatgtccgagtcaccaatgaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatctttttgaacgccttttttcttcgttgttttaTTCcct‑t < 2:18292‑M2/7‑1 (MQ=255) agaccttaccaatatccaccatgcccgagtcacctattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCtct‑t < 2:29561‑M2/7‑1 (MQ=255) agacattatcaatatccaccatgaccgagtcaccaattactagtggtgatgactttttaatttcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCtct‑t < 2:574324‑M2/7‑1 (MQ=255) aagacattaccaatctccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattggctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgactttttcttcgttgtttttTTCtct‑t > 2:592673‑M2/135‑141 (MQ=255) gacattaccaatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCtct‑tt > 2:202783‑M2/134‑141 (MQ=255) gacattaccaatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCtct‑tt < 1:72472‑M2/8‑1 (MQ=255) cattaccaatatcccccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCtct‑ttct < 1:533383‑M2/10‑1 (MQ=255) attaccaatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgtttttttaTTCtct‑ttctt > 1:99306‑M2/131‑141 (MQ=255) attaccaatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCtct‑ttctt > 2:862375‑M2/131‑141 (MQ=255) attaccaatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttcttttaTTCtct‑ttctt > 2:499356‑M2/131‑141 (MQ=255) caatatccaccctgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttactatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaccgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCgg < 1:282892‑M2/16‑1 (MQ=255) caatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCgg < 1:543985‑M2/16‑1 (MQ=255) aatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcgtctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGc > 1:561554‑M2/125‑141 (MQ=255) aatatccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGc > 1:90318‑M2/125‑141 (MQ=255) aatatccaccatgaccgagtcacaacttaatagtggtgatgactttttaatatcctcttttctattccctgtctgcttatcatcttgcttatcttttttgacgacttttttctttcttggtttattctct‑ttttttttgct > 1:165545‑M2/125‑135 (MQ=255) atccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTc < 1:720998‑M2/20‑1 (MQ=255) tccaccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTtct > 1:96584‑M2/121‑140 (MQ=255) cctccatgaccgagtcaccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCAt < 2:287350‑M2/22‑1 (MQ=255) 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ccaattaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcactgtctgattatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTATCGGCTTCATATTGTTTGCCAAGTGCa > 2:713245‑M2/103‑141 (MQ=255) ttaatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCaa > 1:498662‑M2/99‑141 (MQ=255) aatagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatactatggcttatattttgtattgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TGCTTCTCGGCTTCATGTTTTTTGCCAAGTGCATCAAAc > 1:855127‑M2/97‑141 (MQ=255) atagtggttatgactttttattatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACt < 2:488144‑M2/46‑1 (MQ=255) atagtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACt < 1:37650‑M2/46‑1 (MQ=255) agtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGt < 1:251818‑M2/48‑1 (MQ=255) gtggtgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttttttttttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTTTTCTCGGCTTCATGTTGTTTTCCaagtgcgtcttcctgtc > 2:491902‑M2/93‑133 (MQ=255) ggtgatgcctttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttccttgtttctTTCTCT‑CTCAAATCTCGTTCATGTTGATTGCCAAGTGCATTTAACTGTCCa < 1:633899‑M2/51‑1 (MQ=255) tAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCAc < 1:582725/141‑1 (MQ=255) tgatgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACt > 1:538374‑M2/89‑141 (MQ=255) tgactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAg > 1:857319‑M2/86‑141 (MQ=255) tgactttttaagatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAg < 1:4254‑M2/56‑1 (MQ=255) tgactttgtaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCACACTGTCCACTTAg > 1:542753‑M2/86‑141 (MQ=255) gactttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatctattcaagctacgtttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGc < 1:630017‑M2/57‑1 (MQ=255) tctttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGca < 2:745355‑M2/58‑1 (MQ=255) actttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgtgttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGca < 2:640268‑M2/58‑1 (MQ=255) ctttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTACACTGAGcac > 2:465876‑M2/83‑141 (MQ=255) ttttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACaa < 2:687768‑M2/61‑1 (MQ=255) ttaatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACg > 2:784551‑M2/79‑141 (MQ=255) taatttcctccttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGa < 1:276163‑M2/64‑1 (MQ=255) taatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGa < 1:614249‑M2/64‑1 (MQ=255) taatatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGa < 1:494934‑M2/64‑1 (MQ=255) atatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATa < 2:702261‑M2/66‑1 (MQ=255) tatcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAg < 2:173439‑M2/67‑1 (MQ=255) ttcctctttgctattcgctgtctgcttatcctcttgcttatcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGa < 2:552713‑M2/68‑1 (MQ=255) aTTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCAATGTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCTCT‑TTCTTCTCCGCTTCCTCTTATTTGACAAGTACATCCAACTGTCCACTGATCACAACGATAgtaggccacaataa > 2:451656/1‑128 (MQ=255) 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> 1:747849‑M2/34‑141 (MQ=255) tcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAAt > 1:315364‑M2/34‑141 (MQ=255) tcttttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAAt > 1:671831‑M2/34‑141 (MQ=255) ttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATCGcc < 1:119849‑M2/112‑1 (MQ=255) ttttaacgacttttttcttcgttgttttaTTCTCT‑TTCTTCTCGGCCTCATGGTGGTTGCAAAGTAAATCAGCCTTTGCACTGAGATCATCGATATACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGcc < 1:202783‑M2/112‑1 (MQ=255) taacgactttttacttccttgttttaTTCCCT‑TTCTTCTCGGCTACCAGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCct < 2:216933‑M2/115‑1 (MQ=255) 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> 1:861364‑M2/4‑141 (MQ=255) taTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAg < 1:664403‑M2/139‑1 (MQ=255) ttctCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCt < 2:445027/141‑1 (MQ=255) | ACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCT‑TTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCT > CP000730/2709550‑2709829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |