| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,513,930 | A→T | 100% | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_1379 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,513,930 | 0 | A | T | 98.2% | 172.7 / ‑3.9 | 56 | coding (1239/1341 nt) | USA300HOU_1379 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (21/34); minor base . (1/0); total (22/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATAT‑CACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAAC > CP000730/1513794‑1514051 | atttatttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATAT‑CACTCATAATATGTTTTATTg < 2:359901/141‑1 (MQ=255) atttGTATTGATCGTTGTATTAGCAGCCATTTGTATGGGTTTTGTCGCTTGGATAACGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTTCCACATTGCGTATAAATTCCCGCATCTATAT‑CCCTCATAATATGTTTTTTTGTAtt < 2:548373/141‑1 (MQ=255) tttggttgtatCGCTTTATTAGGAGGCATTGGCATGGGGTTTGTCCCTTGGATGAAGCGTACAAATATTACTGCAATTATAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGCATCTATAT‑CACTCATAATATGTTTTATTGTATTa < 2:475530/135‑1 (MQ=255) ttttgtatCGCGTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGAGAAAAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATAT‑CACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGa < 2:522876/138‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |