| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,660 | T→A | 17.1% | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,660 | 0 | T | A | 17.1% | 155.7 / 18.9 | 64 | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base A (4/7); total (29/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAGGGAATTT > CP000730/110524‑110800 | taaaaaTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCat < 2:411542/139‑1 (MQ=255) ggTCGATAATAAAATCCTTCAAGGAGTAGAAGTTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAAACGGAGATATTTCATATAAtgc > 2:143927/1‑139 (MQ=17) cGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCaga < 2:100273/141‑1 (MQ=255) cGATAATAAAATCATGCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCaga > 1:494552/1‑141 (MQ=255) ataataAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGTGATATTTCATATAATCCAGAgg > 1:249549/1‑141 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc > 1:434445/1‑141 (MQ=255) aaaaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAACTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc < 1:261769/140‑1 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAATAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa < 1:471607/141‑1 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa < 1:266579/141‑1 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa > 1:547439/1‑141 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTACCGa > 1:326498/1‑141 (MQ=255) aaaCCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCGTATAATCCAGAGGTGCCGa < 1:353909/141‑1 (MQ=255) tCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCATTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTCttg > 1:29738/1‑140 (MQ=255) ccAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCg > 2:160864/1‑141 (MQ=255) aacaaAAGAAATTAAAGAGGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTGTGTTCAATCTGGAGACGTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACTGAGATATTTCATATAATCCATAGGTGCCGAGTTATTCGGc > 2:370967/1‑141 (MQ=17) aacaaAAAAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGc < 2:585252/141‑1 (MQ=255) aaGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAat > 2:543355/1‑141 (MQ=255) aaGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAat < 2:331842/141‑1 (MQ=255) aaGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAat > 2:425814/1‑141 (MQ=255) aaGAAATTAAAGATGAAAAAAAAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTACAAGATGGGGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAat < 2:401760/141‑1 (MQ=255) aGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGCGATATTTCACATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatt > 1:355628/1‑140 (MQ=255) aGAAATTAAAGAATAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAata < 2:487829/141‑1 (MQ=255) aaaTTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatata > 2:360582/1‑140 (MQ=255) ttAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAAACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGACGAGTTATTAGGCTAAATATCAAt > 2:304346/1‑141 (MQ=255) gATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:509236/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat < 2:237911/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat < 1:140110/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTCGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCAGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat > 2:108035/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTGCTGTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATCATtat < 2:577117/141‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAATTAATGATGATtata > 1:549574/1‑141 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCACAGGTGCCGAGTTATCAGGCTACACAGCGACTGACGAGTGATGATtata > 1:12938/1‑141 (MQ=17) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 2:114113/141‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 1:405086/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:502173/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTCCTTTGTTCAATGTCGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 2:92939/141‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt < 2:344812/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 1:238334/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATACTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 2:168001/141‑1 (MQ=255) gTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgat < 2:194297/141‑1 (MQ=255) gTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgat < 2:194548/141‑1 (MQ=255) cTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa > 2:229484/1‑141 (MQ=255) cTTTAAAAATTTGAAAAAAAATCAGGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAGACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa > 1:322945/1‑141 (MQ=18) tttAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaaa > 2:359919/1‑141 (MQ=255) taaagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTATTGTAAGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGc > 1:654563/14‑141 (MQ=11) aaagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCt > 2:242991/13‑141 (MQ=11) aaaTTTGACAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 2:255132/141‑1 (MQ=255) gAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGtt > 2:50196/1‑141 (MQ=255) gAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGtt > 1:61476/1‑141 (MQ=255) tgaaTTATAAAGATGGACATATACCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACCATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑At < 2:169282/139‑1 (MQ=17) aTTATCAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGt < 2:568288/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGt < 1:522279/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGt < 1:415612/141‑1 (MQ=255) tataAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTa < 2:310084/141‑1 (MQ=255) ataAAGCTGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTATGTCAATTACGCACCTGTCACTGTATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTaa < 1:657503/141‑1 (MQ=14) aaaGACGGAGCTATTTCATATAATCCAGAGGTGCGGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATCATGTACAACAATTACGCAAAAGCTATGCTATACCGACGAGGAACGCTCCACAGAT‑ATTGCTgaaa > 2:580345/1‑141 (MQ=17) agagGGAGATATCTCAGAGAATCCAGAGGTTCCGAATTAATCGGCAAAAAATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGAAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAgg < 2:233752/141‑1 (MQ=17) acaCGCAGATATTCCATATAAACCAGAGGTCCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAgg < 1:210954/139‑1 (MQ=255) atggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGT‑AACCAATACAGTTGATTGTTAAAAGGtt < 2:644127/139‑1 (MQ=14) tggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGGGTTATTCGGCTAAATACCAAGTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTc < 1:51901/140‑1 (MQ=255) gagtTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGATATACGGCTAAATATCAATTAACAAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATACGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTC‑ATTGTCAAAAGGTCCAg > 2:437980/1‑141 (MQ=18) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAg > 1:391363/1‑141 (MQ=255) gtgagttCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAggg < 2:326498/136‑1 (MQ=255) gaTATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAggg < 2:547439/141‑1 (MQ=255) tatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAGGGaa > 1:544407/1‑141 (MQ=255) tatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGGTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAGGGaa > 2:159758/1‑141 (MQ=255) ttCATATAATTCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAGGGAAttt < 2:385390/141‑1 (MQ=255) | TTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTT‑ATTGTTAAAAGGTTCAGGGAATTT > CP000730/110524‑110800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |