| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 195,286 | T→A | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 98.7% | 253.8 / ‑4.0 | 76 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (25/50); total (26/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
TTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAG > CP000730/195149‑195422 | ttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 1:154377/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:313142/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:1153150/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt > 1:1068502/1‑141 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt > 1:658827/1‑141 (MQ=255) aCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAata < 1:695569/141‑1 (MQ=255) ttCTTTATCTATAATGATAGCCCCGTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAGATATCTTAATATCCTTGTAATCCgtt > 1:874944/1‑139 (MQ=255) ttCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAt > 1:511032/1‑141 (MQ=255) taaTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGa < 1:1160709/139‑1 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAt > 1:1168485/1‑141 (MQ=255) tGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAat > 1:1078113/1‑141 (MQ=255) tGATAGCCCCCTATATATATGTTGATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTaa < 1:584986/141‑1 (MQ=255) gATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAat < 1:498341/141‑1 (MQ=255) tAGCCCCCTATATATATGTATATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTATTAAATTTGTAATTCGATAAGAATTAT‑aataatct > 1:633754/1‑139 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATAtt‑t < 1:502206/141‑1 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAACAATTAT‑AGTAATAtt‑t 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1:275155/141‑1 (MQ=255) tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTtat < 1:228004/141‑1 (MQ=255) ttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTtata < 1:629204/141‑1 (MQ=255) ttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTtata < 1:324518/141‑1 (MQ=255) ttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAAAAATTGTtata < 1:875468/141‑1 (MQ=255) ttttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATagg < 1:495250/140‑1 (MQ=255) 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1:927976/141‑1 (MQ=255) ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:1081834/141‑1 (MQ=255) ttATACACTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:145410/141‑1 (MQ=255) ataCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATAGACTTATAAATAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtta > 1:91700/1‑141 (MQ=255) ataCCCTAAAATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtta < 1:446047/141‑1 (MQ=255) cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa > 1:820728/1‑141 (MQ=255) aTGATTTTTATGCTCTTTGAATATATCGTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCCATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATCGGAGGTCTTATTAATGACat < 1:722998/141‑1 (MQ=255) tGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatt > 1:675357/1‑141 (MQ=255) gATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTCCCGCAGGAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta > 1:276619/1‑141 (MQ=255) tttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt < 1:417468/141‑1 (MQ=255) tataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTtta < 1:612698/141‑1 (MQ=255) aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAGAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATGTttatta > 1:208111/1‑141 (MQ=255) aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:44437/1‑141 (MQ=255) aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:1078028/1‑141 (MQ=255) ctatGAAAATATATTTTACAGAATTTTCTCTCAATATTAAAAAAAATATCATAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATGAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGCTAGAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGaa < 1:956351/138‑1 (MQ=255) ctTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGaa < 1:956465/141‑1 (MQ=255) ctTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGaa < 1:1054658/141‑1 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:1080723/1‑141 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:341056/1‑141 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa < 1:1081648/141‑1 (MQ=255) tatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 1:742139/141‑1 (MQ=255) tatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 1:442505/141‑1 (MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa < 1:903414/141‑1 (MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTAGAGGAGGTATTCTTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa < 1:169983/141‑1 (MQ=255) tACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTACCATCCTAGCAATCGGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 1:1112689/141‑1 (MQ=255) tACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 1:850418/141‑1 (MQ=255) accgAACTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:635524/138‑1 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCa < 1:1100837/141‑1 (MQ=255) 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1:1029294/141‑1 (MQ=255) tATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAAc < 1:147211/141‑1 (MQ=255) cTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AG‑AAGATTGATTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 1:275249/141‑1 (MQ=255) aaTATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCTATAAGAATTCTAAATAAT‑TT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCAGCAACGAaaga < 1:863198/141‑1 (MQ=255) tatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaag < 1:176620/141‑1 (MQ=255) tatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaag < 1:1038776/141‑1 (MQ=255) aatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaag < 1:1038579/140‑1 (MQ=255) | TTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAG > CP000730/195149‑195422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |