| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,474,639 | C→G | A9129P (GCA→CCA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,474,639 | 0 | C | G | 93.8% | 104.5 / 0.6 | 32 | A9129P (GCA→CCA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (15/15); total (16/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
TGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAT > CP000730/1474501‑1474773 | tGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGtt > 2:201422/1‑141 (MQ=255) gACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAt < 2:252753/141‑1 (MQ=255) tCCATCTTGTTGAGCAGTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAGAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttgttg > 2:73638/1‑141 (MQ=255) tCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCtt > 2:6947/1‑141 (MQ=255) ttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTTGATTGAGCTATTCGTTCATCACCTTTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGc < 1:56720/141‑1 (MQ=255) ttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGc < 1:93672/141‑1 (MQ=255) tgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCa > 1:161100/1‑141 (MQ=255) gCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAttt > 1:171167/1‑141 (MQ=255) aTTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTg < 1:102221/141‑1 (MQ=255) gTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGttt > 1:272586/1‑141 (MQ=255) ttAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCa > 1:30274/1‑141 (MQ=255) aTGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATa > 2:168752/1‑141 (MQ=255) cATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAt < 1:68795/141‑1 (MQ=255) ttCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAttt < 2:77146/141‑1 (MQ=255) ttCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAttt > 1:162198/1‑141 (MQ=255) aaTTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtca < 2:109337/141‑1 (MQ=255) aTTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcag < 1:4374/141‑1 (MQ=255) gATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatcagc < 1:28599/141‑1 (MQ=255) ttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACGTTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAttt < 1:229320/141‑1 (MQ=255) tAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAtttt < 2:237722/141‑1 (MQ=255) cTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTg < 1:183313/141‑1 (MQ=255) catcaCCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCtt > 2:4865/1‑141 (MQ=255) tcaCCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGGAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTCTTCGCATTTTGTTTCAATACATTGTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTtgt > 2:40489/1‑141 (MQ=255) tcaCCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTtgt > 2:289613/1‑141 (MQ=255) aaTGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCt < 2:180331/141‑1 (MQ=255) ttG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGt < 2:139298/141‑1 (MQ=255) ttttGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTg > 1:203342/1‑141 (MQ=255) cATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCaa > 2:285147/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAAc > 1:124368/1‑141 (MQ=255) aaTATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGc < 2:271413/141‑1 (MQ=255) atTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATg > 2:172242/1‑141 (MQ=255) gAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAt < 1:6947/141‑1 (MQ=255) | TGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTG‑TTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAT > CP000730/1474501‑1474773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |