| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,481,355 | G→T | 100% | A6890E (GCA→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 100.0% | 142.6 / NA | 46 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (21/25); total (21/25) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCA > CP000730/1481218‑1481486 | ccATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCAt < 2:267626/141‑1 (MQ=255) cgtggCTGGATTCAGTTCCTGGGCTGCTTGGATTGCTTGTGTTAATTCCGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCTGTAACCGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCAtt < 2:207003/137‑1 (MQ=255) cTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCCTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGtttt < 1:102509/141‑1 (MQ=255) tGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGGTTTCATTGttttt > 1:246784/1‑141 (MQ=255) tATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAg > 2:378554/1‑141 (MQ=255) tATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAg > 2:552354/1‑141 (MQ=255) tATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAg > 2:507458/1‑141 (MQ=255) aGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCt > 1:64384/1‑141 (MQ=255) aGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCt < 1:351257/141‑1 (MQ=255) gTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCCTTGTTTAAGTTATCTA‑ACTTCGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTg > 2:394011/1‑141 (MQ=255) tgggCGGTTTGAAGTGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt < 2:437934/138‑1 (MQ=255) tgggCGGGTGGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTGGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt < 2:19592/138‑1 (MQ=255) aTGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCa > 2:563519/1‑141 (MQ=255) gCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTCTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACCTTTCTATCACCATTCAACg < 1:307821/141‑1 (MQ=255) ttACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGCCTGAGGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCtt > 2:257723/1‑141 (MQ=255) ttCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGttt < 2:156205/141‑1 (MQ=255) tgcAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTATTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGttt < 2:187977/139‑1 (MQ=255) cAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCg < 2:533366/141‑1 (MQ=255) aGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTACAAGCACCGTTTTGTGCGTTGTTTAATTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTCgtttt > 1:412641/1‑139 (MQ=255) aGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttgt > 2:134944/1‑141 (MQ=255) gtgCGCTTGATTGATGTTTCCACTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGGAGATAATGTTTGGTGTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTAc < 1:497220/141‑1 (MQ=255) tgCTCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTTTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACa < 2:495115/141‑1 (MQ=255) tgCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACa > 1:421709/1‑141 (MQ=255) gcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGtt < 1:563519/141‑1 (MQ=255) cTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCTTTTGTTACTTTTCTATCACCATTGAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTATAGTTg > 2:228997/1‑141 (MQ=255) ttgattgaTGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGa < 2:524787/141‑1 (MQ=255) ttgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGt > 1:192444/1‑141 (MQ=255) tgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtg < 1:121323/141‑1 (MQ=255) tGTTTCCAGTAACAGTACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTACTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgctg < 2:407301/141‑1 (MQ=255) tGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgctg < 2:441046/141‑1 (MQ=255) gTAACAGCACCTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGTAAGTGCTGCTTCAACt > 2:216456/1‑141 (MQ=255) gTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACt > 2:392193/1‑141 (MQ=255) tAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACtt < 2:551826/141‑1 (MQ=255) cACCTTTTTGTTCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATTATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGAtt < 2:300769/141‑1 (MQ=255) cACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCACCGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCACCTTGTGAtt < 2:485946/141‑1 (MQ=255) ttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTACAGCTACGT‑GCGCTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCGACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGACAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTc > 2:233110/1‑141 (MQ=255) tgggCATTGTTTAAGTTATTTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCGTTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCATCGCTTGTTTCGTAGTTGTTGCAGTTGAGAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCa < 2:111501/138‑1 (MQ=255) tgCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCAtt > 1:496336/1‑141 (MQ=255) tAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTAGGGTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAtt < 1:551881/141‑1 (MQ=255) tAAGTTATCCA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTCAGTATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAtt < 2:90866/141‑1 (MQ=255) ttATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCt > 1:507169/1‑141 (MQ=255) tCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTgt > 1:61693/1‑140 (MQ=255) tA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTCCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGAtt < 2:358050/141‑1 (MQ=255) a‑aCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTGGCTTGATta > 1:478695/1‑141 (MQ=255) aCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 2:547527/1‑141 (MQ=255) aaTGTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTCTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:249991/141‑1 (MQ=255) gtttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAACATTTGCTTGATTAATAATATTTTca > 2:211437/1‑141 (MQ=255) | CCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTA‑ACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCA > CP000730/1481218‑1481486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |