| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 942,060 | C→G | 46.4% | intergenic (‑31/+218) | USA300HOU_0905 ← / ← mnhG2 | hypothetical protein/CPA3 family monovalent cation:proton (H+) antiporter‑3 subunit G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 942,060 | 0 | C | G | 46.4% | 7.3 / 28.8 | 29 | intergenic (‑31/+218) | USA300HOU_0905/mnhG2 | hypothetical protein/CPA3 family monovalent cation:proton (H+) antiporter‑3 subunit G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/8); new base G (7/6); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGTGTGGGTCAATGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAGGGCGAATCTGTAGTCAAAGAAAAAATCATTGAAAAAGAGGTAACAATGTCAAAAG > CP000730/941923‑942193 | tCGTGTGGGTCAATGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGtt > 1:22124/1‑141 (MQ=255) gtgtGGGTCAATGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGttgc > 1:2001/1‑139 (MQ=255) gtgtGGGTCAAGGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTAc < 1:110295/141‑1 (MQ=255) tgtgGGTCAATGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACg > 2:277037/1‑141 (MQ=255) ggTCAATGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTACTCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCCGTTCCCTGTATGCAACCGACGATAAGTTTCCAATGCATAATAAACCCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTCACGAttc > 2:99632/1‑140 (MQ=255) ggTCAATGATAGTTAAACGGACAGTTGTTACTCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGTTTGCATTTTACTGTATACCATCGCCGATAAATGTCAAATGCATAGTAAAACGTTTCTCTTTTTGAATCGTGATGGttgatagta > 2:99653/1‑134 (MQ=255) gATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAattt > 1:80558/1‑140 (MQ=255) aTTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAattat < 1:7886/141‑1 (MQ=255) gTTAATAGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATGGCAGTTACCTGTATGCGAACGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACGATTTATAattattat > 2:52153/1‑141 (MQ=255) ttAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACGATTTATAattattatt < 1:3327/141‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAGACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACGATTTATAATTATTATTATc < 1:121646/141‑1 (MQ=255) tCCGCTTGATAATAGCTTTAGTC‑AGTTTGGAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAacaaca > 2:60368/1‑141 (MQ=255) ccGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACAt > 2:109799/1‑141 (MQ=255) ataataGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGc > 1:209716/1‑141 (MQ=255) ataGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCaat < 1:271196/141‑1 (MQ=255) acagttttGTGTCGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATTAACCCTCTCTCTTTTTACAACGTAATGGTTACGATTTATAATTATTATTATCATACTACATAACGACATGAAAGGCaat < 2:81808/137‑1 (MQ=255) ttGCAGTACCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATTCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGata < 1:261119/141‑1 (MQ=255) aGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACTATTTATAATTATTATTATCATAATACATAAGGACATGAAAGCCAATTAAATGAAAGTGAAATATg > 2:41122/1‑141 (MQ=255) gTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAgg > 2:221537/1‑141 (MQ=255) gTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGATACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAgg < 2:36481/141‑1 (MQ=255) aTGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATGGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAGGGc > 2:273225/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAGGGCGAATCTGTAGTCAAAGAAAAAATCATTGAAAAAGAGGTAACAATGTc < 1:184960/141‑1 (MQ=255) aaCGTAATGGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAGGGCGAATCTGTAGTCAAAG‑AAAAATCATTGAAAAAGAGGTAACAATGTCAAAAg < 1:153659/141‑1 (MQ=255) | TCGTGTGGGTCAATGATTGTTAATCGGTCTGTTGTTAATCCGCTTGATAATAGTTTTTGTG‑CGATTGCAGTTCCCTGTATGCCACCGCCGATAATTGTCCAATGCATAATAAAACCTCTCTCTTTTTAAAACGTAATCGTTACGATTTATAATTATTATTATCATAATACATAACGACATGAAAGGCAATTAAATTAAAGAGATATATGTAGATAGGGCGAATCTGTAGTCAAAGAAAAAATCATTGAAAAAGAGGTAACAATGTCAAAAG > CP000730/941923‑942193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |