| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,512 | A→G | 22.6% | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,512 | 0 | A | G | 22.6% | 50.7 / 16.6 | 37 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/17); new base G (2/6); total (14/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
GAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAA > CP000730/111381‑111649 | gAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAata < 1:39494/140‑1 (MQ=255)gAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAata < 1:225672/140‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCAAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATc > 1:14780/1‑140 (MQ=255) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTa < 1:187310/140‑1 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCAATTAACTaa > 1:142995/1‑140 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCGATTAACTAatga < 1:50300/140‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAAAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCAATTAACTAatga < 1:50268/140‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCACAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑AAATATCAATTAACTAaagat > 1:30080/1‑140 (MQ=255) aTAAAAAAATAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTATAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCTTATGATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAAtgatga < 2:118290/140‑1 (MQ=21) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAATATTTAATGAATTATAAAGATGGAGAGATATCATATAATCCATAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:14172/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:222229/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:221013/140‑1 (MQ=255) aaGAAAGCGACAAATTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATACCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 2:127091/140‑1 (MQ=17) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 1:84299/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAACGTaa < 1:207927/140‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGAGTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATCTCATATAATCTAGAGGTGCCGAGTTATTCTGCT‑AAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 1:58905/1‑140 (MQ=18) cGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGATAAATTCATCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAc > 1:125279/1‑140 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:81077/140‑1 (MQ=255) atcTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt < 1:47275/138‑1 (MQ=255) ttAAGTTTTGTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACgc < 2:272600/140‑2 (MQ=255) gcgcAATATAGAAATTTTAAAGATTTAGTGGTTTATAAAGATGGAGATAGATCATATAATCCGGAGAGGCAGAGTTATTCAGCG‑CAATATCAATTAACTGATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTTAAAGATATGa > 2:5995/1‑140 (MQ=18) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGAc > 2:20590/1‑140 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAGCTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACTTTAAATATATAACa > 1:204032/1‑140 (MQ=21) attcaGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGTTGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCT‑AAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgatatcc < 2:195207/136‑3 (MQ=11) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGTCGCAGATATATGATCAAGAACAGATGTGCCGGGTT‑CTCACCTACGATACCAATTCCATTACTATTATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa < 1:287342/140‑1 (MQ=12) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa < 1:262677/140‑1 (MQ=255) ttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaa < 1:85343/140‑1 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg < 2:63405/140‑1 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAATCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAACGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAtt > 1:8209/1‑140 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc < 1:178773/140‑1 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAATACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 1:263037/1‑140 (MQ=255) agGTGACGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAAATAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATAGGACATACTAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca < 2:1016/140‑1 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAGGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAACTGTTGTTGAAAGGCACAGAGAAATTAAAAGGTgcatgattg > 2:239534/1‑135 (MQ=17) gCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtgg > 2:74007/1‑138 (MQ=255) aGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGata < 1:156043/140‑1 (MQ=255) tATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACCATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAACTGTTGGTGAAAGGTACAGGGAATGTAAAAGTGTCATCAGTTGGCAATaa > 2:14865/1‑140 (MQ=17) tCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGAAAAACATATGACATACCAGCACATAAAGCGCCGAAGATGTTGATAAAAGGAACAGGGAATTTAAAAGGCTCATCAGTGAGATATaaaaa > 2:15500/1‑140 (MQ=14) | GAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCT‑CAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAA > CP000730/111381‑111649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |