| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 22 (0.690) | 20 (0.910) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
15/180 | NT | 56.9% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
GTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/512747‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATG > CP000730/1998278‑1998404 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCAT < 1:20000/141‑1GTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTACCTTGTCCAT < 2:56303/141‑1 TTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATT > 1:302307/1‑141 TTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTAAATAACTTTTTTTCTCGTGTCCATat > 2:359785/1‑139 TAACTTGTAGTTACGTTTTTTGGAATTAAAGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCTTTTTTCTTACCGACAGGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAATCAATAAATTTTTTTATCTTGTCTTTTTTAT > 2:267983/1‑141 TAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTCCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTAT < 1:289751/141‑1 TAACTTATAGTTACGATTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTGTTTTATCTTGTCCATTTTAT > 1:282973/1‑141 AACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATT > 1:342800/1‑141 ACTTATAGTTACGTTTTTTTTTTTTATTTTTGACATATTGTCATTCAGTGTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTATTT > 2:223135/1‑141 TTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTT > 1:24441/1‑141 TTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTT > 1:53650/1‑141 ATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTGATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGCATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCGTTTTATTTTTTA > 2:285130/1‑141 AGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAAC < 2:57351/141‑1 GTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACC < 2:244094/141‑1 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAA < 2:160633/141‑1 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGACATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAA < 2:280798/141‑1 TTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATT > 1:219055/1‑141 GGAACTAACGGTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTA < 1:185900/141‑1 TTGACATATTGTCATTCAGATTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATAATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTAATTAAAAAACTGCC > 2:355987/1‑141 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT > 1:1660/1‑141 GACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑G < 2:351796/141‑1 TATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAA > 2:239219/1‑141 TATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAA > 2:239215/1‑141 TTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAG > 1:192067/1‑141 aacGTTTATTTTTCGCACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATTTTGTCCATTTTATTTTTTATCGAAAATATAAAAAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAA < 2:13536/138‑1 GTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAGCATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCCTTTTATTTTTTAACCAAAATTTTATTAAATACCTGCCT‑CGCAACGTTCTACTCTAGCGACACGT > 2:228995/1‑141 GTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTCCAACTCTATCTGACCGT > 2:168827/1‑141 CTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACT < 2:219055/141‑1 TACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATCACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTACTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAC < 2:254527/141‑1 TACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAC < 1:133764/141‑1 ACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCCACGTTCTACTCTACCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 1:296810/141‑1 ACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 2:372662/141‑1 AGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTACCT‑GGCCAGGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCAACG > 2:29798/1‑141 TTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACAAAAATTTGATT‑AAAACCTTCCTCGGGATCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAA > 1:260729/1‑141 AATTATACATTTTATTAACATTGAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGG < 1:83554/141‑1 TTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACT > 1:327477/1‑141 TTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTT < 1:333362/141‑1 tcAACATTTAAGTCAACAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATAAAAAAACTGCCT‑TGCAACGTTCTACTCTAGCATAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCatc > 2:88209/3‑138 TTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGA < 2:307137/141‑1 TTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAACACTTGCTGGAAAGACTGACT‑GGGAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACAATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCAGGGGAGAAGGTGTGgc > 1:183911/1‑139 TTATCTTTTCCATTTTATCTTTTAATCAAAATTTAATTAAAAATCTTCCT‑GCCAACGTTTTACTCTAGCGGAACGTAATTTCCACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACC < 1:267983/141‑1 TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACC < 2:282973/141‑1 tTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGC < 2:201332/140‑1 TTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAG < 1:239219/141‑1 TTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAG < 1:239215/141‑1 TATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCA < 1:218102/141‑1 TTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAATTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGA < 1:348400/141‑1 TTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAC > 1:67441/1‑141 TAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACA < 1:223135/141‑1 AACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTGCGGCATGGGAACAGGTGTGACTTGCTTGCTATAGTCACCAGACAa > 2:95291/1‑140 CCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATct > 1:14433/1‑139 CAAAATTTGATTAAAAAGCTGCCT‑GGCAACGTTCTTCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATCGTCACCAGACATATG < 1:284026/141‑1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/512747‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCT‑GGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATG > CP000730/1998278‑1998404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |