| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,185 | G→A | 18.1% | intergenic (+243/‑891) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,185 | 0 | G | A | 18.1% | 164.7 / 20.3 | 83 | intergenic (+243/‑891) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/28); new base A (3/12); total (42/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAA > CP000730/76063‑76325 | ctgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAg > 2:246229/1‑141 (MQ=255) tgcACCTGTAGCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAgg < 2:199098/141‑1 (MQ=255) cTGTATCACTTAGAACAGCGAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTAGAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGtct < 2:188705/141‑1 (MQ=255) gTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAGAGGAGtcttc > 2:192248/1‑141 (MQ=255) aTCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTg < 1:3565/141‑1 (MQ=255) cACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTa < 1:192828/141‑1 (MQ=255) aCTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAACGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTAt < 2:378639/141‑1 (MQ=255) cTTAGAACACCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATg < 1:112822/141‑1 (MQ=255) aGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAAc < 2:300321/141‑1 (MQ=255) aaCAGCTAACCAAAGTGTTAGGAAAACAGGGAATACTAACACAAAGGAAATTAATATAAAAATGAAAGCAAAATATAGGGTCTGTTGAAAAGTTGA‑ATCTTTAGTATAATTTTAACCAAAAGGAGTCTACTGTATgtgata > 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aaGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATaa < 1:366115/141‑1 (MQ=255) gggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGAt > 2:231594/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:18226/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:122345/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:299625/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:311522/1‑141 (MQ=255) attACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACACTTTAACAAGGATGtt > 2:229912/3‑141 (MQ=255) aaTACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGAGATAAACAATTTAACAAGGATGtt > 2:355316/1‑141 (MQ=255) aTACTAACACAAAGGCAATAAATTTGATAATTATAGCAAAATATGGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTa > 1:209884/1‑141 (MQ=255) acacAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTg < 2:163967/141‑1 (MQ=255) acaAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTa < 2:98632/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=17) | CTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAA > CP000730/76063‑76325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |