| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 36462 | 478 (4.440) | 4 (0.040) | 3/254 | 13.1 | 0.65% | coding (90/675 nt) | tpn | IS431mec transposase |
| ? | CP000730 | 76234 = | 795 (8.150) | intergenic (+292/‑842) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1052 total aligned reads displayed.
AGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAAT > CP000730/76095‑76374 | tCCAGGGAATACTAACACAGAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCGGTTGCAAAGTTGAATCTAAAGTATAATTTTAAGAACAAGGAGTCGTCAGTATGAACTATTTCAAATAT‑AAACAATTTAACaa > 1:785947/1‑141 (MQ=255) cAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAgg > 1:1001812/1‑141 (MQ=255) gggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGAt < 1:474581/141‑1 (MQ=255) cagttaggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAt > 1:555345/9‑141 (MQ=11) agtaaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGCTGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAt < 2:306004/133‑1 (MQ=11) taaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTATTATCTAAGTTATGCATTg < 2:406117/135‑1 (MQ=1) taaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg > 2:928897/7‑141 (MQ=0) taaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 2:684870/135‑1 (MQ=255) ttaggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGa < 2:51783/136‑1 (MQ=2) aaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGa < 2:1001202/136‑1 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1:936497/1‑141 (MQ=35) aGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAt > 2:645565/1‑141 (MQ=1) aGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAt > 2:624391/1‑141 (MQ=1) aGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTAt > 1:126545/1‑141 (MQ=0) gCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGatatat > 1:69292/1‑141 (MQ=35) aaaGTTGAATATATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGCAGCCGTTGGCTACTCTCTAAGAGATGCATTGAGCTATCGTGATATATCt > 1:872136/1‑141 (MQ=11) atttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATAtt > 1:761330/4‑141 (MQ=2) atttataatataaTGTTACCAAAAAGTATGCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGACGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGGGCTATCGTGATGTATCTGAAAGAtt > 2:552690/4‑141 (MQ=1) tttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTa < 1:709773/139‑1 (MQ=9) ttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTaa < 1:181661/140‑1 (MQ=12) ataatataATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAga > 1:653393/5‑140 (MQ=12) ataataTAACTTTAACAAAAAGGATTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACTAGGATGTTATCACGTGAGCCGTTGGCTACTATCTAAGACATGCATTGATCAATCGTGATATATCTGAAATATTAAga < 1:413434/141‑2 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2:1184384/1‑141 (MQ=17) ttgaaCAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACgtggtg < 2:1022336/138‑1 (MQ=255) tAACAAAAAGGATTCGTTTTTTTGAACTATTTTACATTA‑ATACAATTCAAAATGCATTATATCATTGAACTGTTTTTTTTCTATCCATGATATGCGTTGAGTTATCATGTTATATCTGAAATATTAAGGGAACgtataatc < 2:368132/141‑7 (MQ=2) tAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTa > 1:219981/1‑141 (MQ=17) tAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTa > 2:906852/1‑141 (MQ=17) tAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTa < 2:724859/141‑1 (MQ=17) aaCAAAAAGGAGTCTTGTGTATGAACTATTTCAGATAT‑CAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTaa > 1:669279/1‑141 (MQ=12) aaCAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGTTGTaa > 2:873911/1‑141 (MQ=17) aaCAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTaa > 2:271446/1‑141 (MQ=17) aaCAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTaa > 2:859567/1‑141 (MQ=17) aaCAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTaa > 2:598997/1‑141 (MQ=17) aaCAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTaa < 2:1098666/141‑1 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1:363686/1‑141 (MQ=17) aTTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGtt < 2:820605/141‑1 (MQ=12) tttCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTg < 2:668654/141‑1 (MQ=12) tCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTggg > 2:431985/1‑141 (MQ=12) tCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTggg > 2:346277/1‑141 (MQ=12) cAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGACTACCGTTGGGt > 2:162237/1‑141 (MQ=17) tat‑aATCAATTTAACATGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCaa < 2:147221/141‑1 (MQ=11) at‑aAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAg < 1:904356/141‑1 (MQ=17) at‑aAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAg < 1:261485/141‑1 (MQ=255) t‑aAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGa < 2:492687/141‑1 (MQ=17) aaaaCAATTTAACAAGGAAGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATAAGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGa < 1:33764/140‑1 (MQ=11) aaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAat < 2:32691/141‑1 (MQ=12) | AGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAT‑AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAAT > CP000730/76095‑76374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |