| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | CP000730 | 2306185 = | 195 (1.280) | coding (50/108 nt) | USA300HOU_2165 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATT‑TTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATCAAGAAAATC > CP000730/2306039‑2306332 | aaaCGAAGTGCGTTATTATCGATACTGGAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATT‑TTTTTAATTGAtt < 1:694680/149‑1 (MQ=255) cGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATT‑TTTTTAATTGATTCaa > 1:1001386/1‑149 (MQ=255) gTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATT‑TTTTTAATTGATTCAACACCCAGc < 1:1633688/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |