| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1731 total aligned reads displayed.
TTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTT > CP000730/36121‑36417 | gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGc < 2:297760/149‑1 (MQ=32) ctgccTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa < 2:666424/146‑1 (MQ=11) tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTGCGCAACCAAATATCTAATGTAGGTGCCTCTGCagc > 1:1000018/1‑139 (MQ=12) cttcttTGAAGGGGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAAt < 1:768116/141‑1 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2:626567/1‑149 (MQ=11) ttgtCTCTCTGCATCAATGGCCCGATATAAATAGGTCTATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCGTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:547857/140‑1 (MQ=11) atttCCCTCTTCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAATCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAAc < 2:499684/146‑1 (MQ=255) atgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg > 1:981231/1‑141 (MQ=255) gtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAAAGGAATATAAAATTGGGGCTTATTCTTGAACCCAACgg > 2:172515/1‑149 (MQ=11) tCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTTTTTTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 1:82074/1‑141 (MQ=11) ccTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAATATTGGGGCATATTCTTGAAccc > 1:702429/1‑141 (MQ=21) ccTCTGCATAAATGGCACGATATAAATAGCTAAATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTAAGTCTCATAAATACGCGATTTGTAATAAGCTTTTTAATGCTTTTTTTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAAcca > 1:120776/1‑140 (MQ=11) tctGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGat > 2:816413/1‑148 (MQ=255) tGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCTTTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTAGGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATGTTCTTGAACCCAACGGTAGACCg > 2:481520/1‑149 (MQ=255) cATCAATTGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGt < 1:415621/141‑1 (MQ=21) cATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACggg > 1:832298/1‑140 (MQ=21) | TTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTT‑ATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTT > CP000730/36121‑36417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |