| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2674542 | 116 (1.170) | 3 (0.030) | 3/238 | NT | 2.8% | intergenic (‑21/+247) | ptsG/ilvB2 | PTS family glucose/glucoside (glc) porter component IIABC/pyruvate oxidase |
| ? | CP000730 | = 2674577 | 100 (1.090) | intergenic (‑56/+212) | ptsG/ilvB2 | PTS family glucose/glucoside (glc) porter component IIABC/pyruvate oxidase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
ATACCAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGAACAAACAAGACTATTCTCATAGTGCGGTTGTTTGCTCATGCCTGCATTACCAGTAACACGCAAGTGATATCTAATTCATAGCTATTATACATATTTGTAAAAGCGTTTTCAACAACTTTTTCACAATTTTATCATCAATT > CP000730/2674406‑2674682 | aTACCAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGaacaa < 1:247491/141‑1 (MQ=255)aTACCAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGaacaa < 1:622771/141‑1 (MQ=255) aCCAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACCTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTACACATATAAACATCCACTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCATGCATNaacaaac > 2:895819/1‑141 (MQ=255) ccAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCGGGCATGaacaaaca > 1:1028386/1‑141 (MQ=255) ccAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGaacaaaca < 1:1021959/141‑1 (MQ=255) ccAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGaacaaaca > 1:756637/1‑141 (MQ=255) agcagctgGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGAACAAACAAg > 2:845433/5‑141 (MQ=255) aGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGAACAAACAAg > 1:1160285/1‑141 (MQ=255) gctgctGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGAACAAACAAGa > 1:474372/1‑141 (MQ=255) tgGTAAAATCGCAACAGTTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGAAATTGTCCAAACAATTTCATAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCATGCATGAACAAACAAGACTAtt < 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2:437151/1‑141 (MQ=255) aGGCATGAACAAACAAGACTATTCTCATAGTGCGGTTGTTTGCTCATGCCTGCATTACCAGTAACACGCAAGTGATATCTAATTCATAGCTATTATACATATTTGTAAGAGCGTTTTCAAAAACTTTTTCACAAATTTatc > 2:886070/1‑141 (MQ=255) aGGCATGAACAAACAAGACTATTCTCATAGTGCGGTTGTTTGCTCATGCCTGCATTACCAGTAACACGCAAGTGATATCTAATTCATAGCTATTATACATATTTGTAAAAGCGTTTTCAACAACTTTTTCACAATTTTatc > 2:724881/1‑141 (MQ=255) ggCATGAACAAACAAGACTATTCTCATAGTGCGGTTGTTTGCTCATGCCTGCATTACCAGTAACACGCAAGTGATATCTAATTCATAGCTATTATACATATTTGTAAAAGCGTTTTCAACAACTTTTTCACAATTTTatca > 2:480267/1‑141 (MQ=255) gCATGAgcaaacaaccgcactatgagaatagtcttgtttgttcatgcctgcttttttttttttttgtatcggaaattgagataggggatgtttatatgtttaagaaatggtttggacaattgcaacgtatcggtaaagcat > 2:1004564‑M1/1‑6 (MQ=255) gCATGAgcaaacaaccgcactatgagaatagtcttgtttgttcatgcctgctttttttgtacatggaagcggaaattgagataggggatgtttatatgtttaagaaattgtttggacaattgcaacgtatcggtaaagcat > 1:934637‑M1/1‑6 (MQ=255) 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1:284772‑M1/1‑3 (MQ=255) agcaaacaaccgcactatgagaatagtcttgtttgttcatgcctgctttttttgtacatggaagcggaaattgagataggggatgtttatatgtttaagaaattgtttggacaattgcaacgtatcggtaaagcattaatg < 2:318245‑M1/141‑141 (MQ=255) agcaaacaaccgcactatgagaatagtcttgtttgttcatgcctgctttttttgtacatggaagcggaaattgagataggggatgtttatatgtttaagaaattgtttggacaattgcaacgtatcggtaaagcattaatg < 1:803713‑M1/141‑141 (MQ=255) | ATACCAGCTGCTGGTAAAATCGCAACAGGTAACATTAATGCTTTACCGATACGTTGCAATTGTCCAAACAATTTCTTAAACATATAAACATCCCCTATCTCAATTTCCGCTTCCATGTAC‑AAAAAAAGCAGGCATGAACAAACAAGACTATTCTCATAGTGCGGTTGTTTGCTCATGCCTGCATTACCAGTAACACGCAAGTGATATCTAATTCATAGCTATTATACATATTTGTAAAAGCGTTTTCAACAACTTTTTCACAATTTTATCATCAATT > CP000730/2674406‑2674682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |