| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,269 | 0 | C | T | 60.5% | 276.2 / inf | 830 | A95T (GCA→ACA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (154/173); new base T (245/255); total (402/428) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 834 total aligned reads displayed.
AGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTT > CP000730/36123‑36417 | aaccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAt < 1:217916/147‑1 (MQ=17) attaTTGCTACTTTCGTTGAAGGTGCTTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc < 1:894259/146‑1 (MQ=255) accATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATc > 1:1064046/2‑149 (MQ=17) ccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAATTTTTTTATGTATGTCCCTCTGCATCa > 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tgtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATCTAAAATTGGGGCATATTCTTGACCCCAACg > 1:479373/1‑149 (MQ=255) tCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCAAATTCTTGAACCCAACgga > 1:615425/1‑148 (MQ=11) cccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTTTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCTTATTCTTGAACCCAACGGTa > 1:633553/1‑149 (MQ=11) cccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATCTAAAATTGGGGCATTATCTTGTACCCCACGGTa > 1:440485/1‑149 (MQ=11) cccTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTGGAACCCAACGGTa > 1:843566/1‑149 (MQ=25) ctctGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGa > 1:295439/1‑149 (MQ=39) tctGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGat < 1:936892/149‑2 (MQ=255) ctGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGatc < 1:100039/149‑3 (MQ=255) gCATCACTGGCACGGTATTAATCGCTCCATTTT‑TCTTTTATTTTTATTTCCTTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGt < 1:589624/149‑1 (MQ=11) gCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATCTCACGGTTGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGt < 1:825027/149‑1 (MQ=11) gCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGt < 1:351902/149‑1 (MQ=18) | AGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTT‑CCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTT > CP000730/36123‑36417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |