| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2041611 = | 80 (0.880) | 4 (0.050) | 4/256 | 12.5 | 5.3% | coding (36/147 nt) | USA300HOU_1899 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2041657 = | 68 (0.810) | intergenic (‑11/+29) | USA300HOU_1899/gatB2 | hypothetical protein/glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit B | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATAATTAAAGCTAACGCATTAATAAAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCTTTA > CP000730/2041518‑2041797 | tataATTAAAGCTAACGCATTAATAAAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTAttttt < 2:171297/141‑1 (MQ=255)tataATTAAAGCTAACGCATTAATAAAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTAttttt < 1:447778/141‑1 (MQ=255) ataATTAAAGCTAACGCATTAATAAAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAATCCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTAtttttt < 2:487338/141‑1 (MQ=255) ttAAAGCTAACGCATTAATAAAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGGTGCAGGTAAGTTCAGTTCTATAGATATAATGGAACCCTCGATTGGATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAAt > 1:98450/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) taataaAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTtgatg < 1:759075/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑a < 1:88036/141‑1 (MQ=255) tAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAATCCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAAtt < 2:127528/141‑1 (MQ=255) tAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAAtt < 2:582778/141‑1 (MQ=255) atatTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCATCAAACTATGAAGATTT‑aaaaaat < 1:207420/141‑5 (MQ=255) tttttACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCtt > 1:904391/1‑141 (MQ=255) tACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTAt < 2:984307/141‑1 (MQ=255) cATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTa < 1:682598/141‑1 (MQ=255) cATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTCTTATCTa < 1:828706/141‑1 (MQ=255) tAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAAtt > 2:946054/1‑141 (MQ=255) aTGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTGATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTg > 1:731167/1‑141 (MQ=255) 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2:306224/141‑1 (MQ=255) aaTAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGt < 2:992514/141‑1 (MQ=255) aaTAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGt < 1:365298/141‑1 (MQ=255) agatAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTAGATTGCATATAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGAtt > 2:363220/4‑141 (MQ=255) aGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGAtt > 2:442574/1‑141 (MQ=255) aGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGAtt > 2:39346/1‑141 (MQ=255) 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1:984351/141‑1 (MQ=255) gACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGAtt > 2:871657/1‑141 (MQ=255) cTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAg > 2:261665/1‑141 (MQ=255) tCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCt < 1:972258/141‑1 (MQ=255) tCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCt < 1:972147/141‑1 (MQ=255) cTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCtt < 1:540867/141‑1 (MQ=255) 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2:516374/141‑1 (MQ=255) aaCCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCtt < 2:637282/141‑1 (MQ=255) cccTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTc > 1:809124/1‑141 (MQ=255) ccTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCa < 1:178151/141‑1 (MQ=255) cTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCAt > 2:305611/1‑141 (MQ=255) cTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCAt > 2:640974/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCaa < 1:540696/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACt < 1:251376/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACt > 2:632661/1‑141 (MQ=255) aGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTa < 1:430682/141‑1 (MQ=255) aGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTTTTGTTTTAATAGTTGATTTACTACTTGTTGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATACTTTGACCAACTatgaa > 2:13496/1‑141 (MQ=255) aGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCtt < 1:762658/110‑1 (MQ=255) 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TATAATTAAAGCTAACGCATTAATAAAATTAATATTTTTACCATTAACATGTACAATGAATAAAGTTAAAAGTAATTTGACTTCTATAGATATAAATAAACCCTCGATTGCATCTAAGTCAGCAATCAAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCTTTA > CP000730/2041518‑2041797 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |