| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,124 | 0 | G | A | 58.8% | 184.8 / inf | 400 | A143V (GCT→GTT) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/79); new base A (116/119); total (202/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC > CP000730/35984‑36264 | gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc < 1:29886/141‑1 (MQ=255) aTTCTTTGCTTTATTTATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCCTGATCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATTTACAATGACCGTCA‑GGGTTAAGTTTAGAAGCTTTAATTACTTTAGCCAt > 2:392381/1‑141 (MQ=14) aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt > 2:113083/1‑141 (MQ=255) tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg < 2:137987/141‑1 (MQ=255) tCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTg > 2:172395/1‑141 (MQ=255) cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc > 1:385300/1‑141 (MQ=255) tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt < 1:409963/141‑1 (MQ=255) ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt > 1:397795/1‑141 (MQ=255) ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa > 2:103607/1‑141 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc < 1:102582/141‑1 (MQ=255) gCTGTATTGATACTTTAATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc < 2:400069/141‑1 (MQ=255) ccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCt > 2:133900/3‑141 (MQ=255) cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt < 1:173818/141‑1 (MQ=255) cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt < 1:189398/141‑1 (MQ=255) cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt < 1:240432/141‑1 (MQ=255) aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt > 2:369391/1‑141 (MQ=255) aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt < 1:164806/141‑1 (MQ=255) ttGATACTTTGATACCTAGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGtt > 2:68780/1‑141 (MQ=255) gATACTATGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTcaacga < 1:131711/141‑6 (MQ=14) tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg < 2:414194/141‑1 (MQ=255) tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAg < 1:306327/141‑1 (MQ=255) aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg > 1:351798/1‑141 (MQ=255) aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCATTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg > 2:53709/1‑141 (MQ=255) tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg > 2:179770/1‑141 (MQ=255) ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgccaa > 1:92318/1‑137 (MQ=255) ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc > 2:62817/1‑141 (MQ=255) tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc < 1:323249/141‑1 (MQ=255) gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt > 2:31940/1‑141 (MQ=255) atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt < 1:14654/139‑1 (MQ=255) ttttctttcttACTTTAATATGACTGTGATCTTGCTCAATGATGTTATTCATATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGTTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCtt > 2:301038/4‑140 (MQ=11) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg > 2:43205/1‑141 (MQ=255) ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg > 1:337561/1‑141 (MQ=255) gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa > 1:331292/1‑141 (MQ=255) ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa < 2:86541/141‑1 (MQ=255) ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa < 2:310238/141‑1 (MQ=255) tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc < 2:195763/141‑1 (MQ=255) tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc < 2:165759/141‑1 (MQ=255) cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc > 2:447551/1‑141 (MQ=255) cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc > 1:61674/1‑141 (MQ=255) cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc > 1:451424/1‑141 (MQ=255) ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt < 1:6496/141‑1 (MQ=255) ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt > 1:424321/1‑141 (MQ=255) ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt > 1:269873/1‑141 (MQ=255) ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt > 2:49853/1‑141 (MQ=255) tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt < 1:367953/141‑1 (MQ=255) cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTActaaat < 2:115593/141‑6 (MQ=25) atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGAAGAAA‑GGTATAAGTCTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt < 1:87523/141‑1 (MQ=11) gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc < 2:2216/141‑1 (MQ=255) gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc > 1:402325/1‑141 (MQ=11) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc > 2:235880/1‑141 (MQ=255) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc > 2:212167/1‑141 (MQ=255) aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc < 1:287201/141‑1 (MQ=11) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa > 1:312680/1‑141 (MQ=255) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa < 2:352541/141‑1 (MQ=11) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa < 2:239004/141‑1 (MQ=11) tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt < 1:119212/141‑1 (MQ=17) tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt > 1:105229/1‑141 (MQ=12) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt < 1:114016/141‑1 (MQ=12) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt > 1:5344/1‑141 (MQ=17) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt < 2:334510/141‑1 (MQ=17) cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt > 2:263157/1‑141 (MQ=12) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa > 2:80096/1‑141 (MQ=17) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa > 2:143946/1‑141 (MQ=11) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa < 1:439249/141‑1 (MQ=32) cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTGAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt < 2:2493/141‑1 (MQ=17) cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt > 1:415563/1‑141 (MQ=11) tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACTTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc > 2:254000/1‑141 (MQ=12) gAGGTTATTCAGATATCTCGATGTACAAGGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg > 2:338798/1‑141 (MQ=11) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt > 2:152547/1‑141 (MQ=17) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt < 1:154434/141‑1 (MQ=11) aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt > 1:223902/1‑141 (MQ=11) ggTTATTTAGATATTTCGAGGTACAATGGCGGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACTTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGGAATTTCCTTTTGACGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt < 2:425784/141‑1 (MQ=11) ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg > 1:250454/1‑141 (MQ=12) ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg < 1:151134/141‑1 (MQ=11) tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa < 2:273781/141‑1 (MQ=11) aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt > 2:293365/1‑141 (MQ=12) aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt > 1:294335/1‑141 (MQ=17) aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt > 1:138016/1‑141 (MQ=11) ttCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa > 1:212356/1‑141 (MQ=12) cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa < 1:37875/141‑1 (MQ=17) cAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa > 2:230624/1‑141 (MQ=255) aGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATAGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc < 2:36030/141‑1 (MQ=255) aGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc > 2:343022/1‑141 (MQ=11) gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg > 2:225654/1‑141 (MQ=17) atatTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc > 2:364679/1‑141 (MQ=255) atatTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc > 2:382697/1‑141 (MQ=11) tatTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAACTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa < 2:442451/141‑1 (MQ=11) tttCGATGTACAATGACAATCA‑GGCTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTATTCTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTCTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAATTTGTTTAATGACACGTTTCATAAACCCata < 2:42050/141‑1 (MQ=11) ttCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat < 1:17876/141‑1 (MQ=17) tCGATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg < 1:2159/141‑1 (MQ=12) gATGTACAATGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt > 2:375490/1‑141 (MQ=12) aTGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg < 1:278181/141‑1 (MQ=11) cAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa > 1:72518/1‑141 (MQ=255) aaTGGCAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt > 2:150760/1‑141 (MQ=2) aaTGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCAGTAAAGACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATAAGcacactgat < 2:204478/141‑9 (MQ=11) aaTGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt > 1:203430/1‑141 (MQ=32) tGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa < 1:156386/141‑1 (MQ=11) tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg > 1:85433/1‑141 (MQ=11) tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg > 1:236620/1‑141 (MQ=11) gCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTccc < 1:48235/141‑1 (MQ=255) | AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCA‑GGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC > CP000730/35984‑36264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |