| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 38.9% | 137.2 / 90.6 | 103 | intergenic (+81/+27) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/28); new base T (9/31); total (44/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAA‑‑TAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATT > CP000730/35713‑35971 | aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAA‑‑TAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAc < 1:318002/141‑1 (MQ=255) ttGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAA‑‑TAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTACACACt > 2:114339/1‑141 (MQ=255) ttGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGATTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAACTAAAA‑‑TAAAATTGTGAGCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTACAAAAATATAGCTAACCACt > 2:128784/1‑141 (MQ=255) gACAAAGTATTTAATGTAGCAGTGGTGCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAA‑‑TAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTaa > 2:165874/1‑141 (MQ=39) 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1:557842/141‑1 (MQ=255) aaGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCCGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 1:219886/141‑1 (MQ=11) ttcttgtGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTCGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCg < 1:218007/135‑1 (MQ=1) | ATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAA‑‑TAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATT > CP000730/35713‑35971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |