| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2687481 | 83 (1.200) | 5 (0.080) | 5/278 | 1.9 | 6.0% | intergenic (+35/+34) | clp/USA300HOU_2543 | S14 family endopeptidase Clp/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 2687499 | 81 (1.270) | intergenic (+53/+16) | clp/USA300HOU_2543 | S14 family endopeptidase Clp/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATTGTTGAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAGTGTAT > CP000730/2687332‑2687630 | tATTGTTGAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAt > 2:957661/1‑151 (MQ=255) ttgttgAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCa < 1:917658/151‑1 (MQ=255) tgAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTc > 1:798040/1‑151 (MQ=255) aaCAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGc < 2:619571/151‑1 (MQ=255) gCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCtt > 1:107638/1‑151 (MQ=255) cAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATAAAAAAAAAAAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTg < 2:184404/151‑1 (MQ=255) cAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATAATACAGACGTTAAACCTGTGGATATATATGCTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTg < 1:477126/151‑1 (MQ=255) aGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGcc < 2:594390/151‑1 (MQ=255) aGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGcc > 1:400714/1‑151 (MQ=255) gTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCt > 1:131377/1‑151 (MQ=255) gTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCt > 1:280079/1‑151 (MQ=255) cGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg < 2:857387‑M2/151‑3 (MQ=255) cGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg < 2:167923‑M2/151‑3 (MQ=255) aaaaTTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatt > 2:116468‑M2/1‑143 (MQ=255) aaaaTTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGAAAAAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatt < 2:479348‑M1/151‑27 (MQ=255) aaTTACAGATTACTATCTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatttt < 1:331403‑M1/151‑29 (MQ=255) aTTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcattttt < 2:811770‑M1/151‑30 (MQ=255) tACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatttttga < 2:191715‑M1/151‑32 (MQ=255) tACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑ttttttt < 1:745750/151‑1 (MQ=255) cAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatttttgatg < 2:538228‑M1/151‑34 (MQ=255) cAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTGGCGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTaa < 1:602306/151‑1 (MQ=255) naTTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt > 2:975418/2‑151 (MQ=255) gATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt > 2:538186/1‑151 (MQ=255) ttgcTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAattat > 2:772642/4‑151 (MQ=255) aTTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTccc > 2:275045/1‑151 (MQ=255) aTTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTAGGTccc > 1:756561/1‑151 (MQ=255) ttAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTg < 2:399181/151‑1 (MQ=255) tAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTgg > 1:863032/1‑151 (MQ=255) aTCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGAATAACGAATCAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa < 1:10974/151‑1 (MQ=255) aTACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg < 2:178077/151‑1 (MQ=255) aCAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACGCTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAt < 2:121007/151‑1 (MQ=255) cAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAtt < 1:931764/151‑1 (MQ=255) cAGACGTTAAACAAGTGGCTATAGGAGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAtt < 2:313015/151‑1 (MQ=255) 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tataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgtt > 1:168605/1‑151 (MQ=255) taGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTcc > 2:508388/1‑151 (MQ=255) aGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCTCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 2:1057356/151‑1 (MQ=255) aGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 2:222650/151‑1 (MQ=255) aGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 1:861836/151‑1 (MQ=255) 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atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCt < 2:168605/151‑1 (MQ=255) tatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCtt < 2:468152/151‑1 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGaa < 1:926219/151‑1 (MQ=255) gcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGaaa < 1:882348/151‑1 (MQ=255) cATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctg < 2:538228‑M2/151‑119 (MQ=255) 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aaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctagatagtaatctgtaatt < 1:331403‑M2/151‑124 (MQ=255) aaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTAc > 1:86235/1‑151 (MQ=255) aaTGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgtaatttt > 2:116468‑M1/1‑8 (MQ=255) aaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttttttcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgtaatttt < 2:479348‑M2/151‑126 (MQ=255) aaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTa > 2:884052/1‑151 (MQ=255) 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cATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAGTGtat < 2:326551/151‑1 (MQ=255) | TATTGTTGAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAGTGTAT > CP000730/2687332‑2687630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |