| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 100.0% | 100.5 / NA | 36 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (16/20); total (16/20) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > CP000730/76833‑77101 | ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGAAAGTTAAACGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt < 1:518333/140‑1 (MQ=255) aGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa < 1:718578/140‑1 (MQ=255) gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAt > 1:693019/1‑140 (MQ=255) ctCTAGGGATTTTCGCCATGCTACGAAATTCGCATTATGCTAGCAAGTGAAGCGAACACTGCGATGATAAATTAGTGGTTAGCTACATTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAATAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAt < 2:192672/139‑1 (MQ=14) tcaaCGGAGTTTAGACATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACCGACATGATAAATAAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAAAAAAAAAA‑AAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAttt < 2:504047/137‑1 (MQ=14) aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtata < 1:427922/140‑1 (MQ=255) gATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAg > 2:546235/1‑140 (MQ=255) ccacgccacgAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAAAAAAAAAA‑AAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTg < 2:467634/140‑1 (MQ=17) aTTAGCATCATTCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAtt < 1:753568/140‑1 (MQ=255) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGCACCT‑ATAAAATACATGGTGGTATAAGGTTTATTTATATAGAGTTAGTGCAAACTTTGATTTgg > 1:669961/1‑140 (MQ=17) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg < 2:693019/140‑1 (MQ=255) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg > 1:482603/1‑140 (MQ=255) cTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt < 1:230767/140‑1 (MQ=255) gCAAGTTAAGCGAACACTGAGATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGGAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCTAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAg > 1:460922/1‑140 (MQ=25) gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:680801/1‑140 (MQ=255) tAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 2:39894/140‑1 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAtt < 1:51848/140‑1 (MQ=255) aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa < 1:219066/140‑1 (MQ=255) aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa < 1:6040/140‑1 (MQ=255) cacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa > 2:331986/1‑140 (MQ=255) aTAAAATACTGGTAAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCCACTGATCAT‑ATGAAAAACATGGCATTAAAAGCTTAATTGCTATAGTATTACTGCATACATTGATTTGGGTCGAACAATATGGGCATTAAAAAAATgaatgtata > 2:37230/1‑139 (MQ=255) tAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAAGgaatgaataa > 2:707420/1‑138 (MQ=255) cTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt > 1:73988/1‑140 (MQ=255) cTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt > 2:583209/1‑140 (MQ=255) ta‑tTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTTATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATTAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAt < 2:96338/140‑1 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGTCTTAAAAGGTTAATTTATATTGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 1:613770/140‑1 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag > 1:612014/1‑140 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 1:502409/140‑1 (MQ=255) taacttGCAAAAAAACCTAAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCGAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 1:690070/136‑1 (MQ=255) ttGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaa < 1:81770/140‑1 (MQ=255) ttGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAATGGAGAGGTTaa > 1:209478/1‑140 (MQ=255) cAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa > 1:55419/1‑140 (MQ=255) t‑ataAAAAACATGGGTTTAACAGGTTAATTTATATTGTCTTCCTCCTTTTACACATTTGGGTCAAAAATTAGGTGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata < 1:171544/140‑1 (MQ=255) aaaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAATTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 1:401467/1‑140 (MQ=255) aaaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATATATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGACAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 2:348437/1‑140 (MQ=255) gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTTAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATTAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:259502/140‑1 (MQ=255) | TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATA‑TTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > CP000730/76833‑77101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |