| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 593,430 | T→A | 12.2% | intergenic (+22/‑58) | rpoC → / → USA300HOU_0538 | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/possible RNA‑binding ribosomal protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 593,430 | 0 | T | A | 12.2% | 86.2 / 5.2 | 33 | intergenic (+22/‑58) | rpoC/USA300HOU_0538 | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/possible RNA‑binding ribosomal protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/13); new base A (2/2); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
TATTGGTAAGTTAATTCCAGCTGGTACTGGTATGAGACGTTATAGCGACGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGCAGAACTTTGGAGGATAAATTATTGTCTAAGGAAAAAGTTGCA > CP000730/593294‑593565 | tattGGTAAGTTAATTCCAGCTGGTACTGGTATGAGACGTTATAGCGACGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCtt < 2:253657/141‑1 (MQ=255)tattGGTAAGTTAATTCCAGCTGGTACTGGTATGAGACGTTATAGCGACATAAAAAAAAAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCtt < 2:143394/141‑1 (MQ=255) atggaaaaGTTAATTCAAGTTGGTACTGGTAGGAGATGTTATAGAGAAGAAAAAAAAAAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAACAAGAGGCTAAAGcat < 2:206832/135‑3 (MQ=255) gTAAGTTAATTCCAGCTGGTACTGGTATGAGACGTTATAGCGACGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGcc < 2:56033/141‑1 (MQ=255) 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1:74613/141‑1 (MQ=255) gTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGTTTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGCAGAACTGTGGAGGATAAATTATTGTTTaa > 1:173256/1‑141 (MQ=255) tatttaGC‑AGAGGCTAATGGTTTGGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTGCATGTTAGTATATTAAAGGTTGGGGCAAGCAGAACTTTGGAGGATGCATTATTGTCTAAg < 2:125190/141‑1 (MQ=255) atataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGCAGAACTTTGGAGGATAAATTATTGTCTAAgg < 2:201149/141‑1 (MQ=255) acaagagGCTAAAGCATGAGCCTCTTGTTATATTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGCAGAACTTTGGAGGATAAATTATTGACTagtggata > 2:94376/4‑134 (MQ=255) aC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGCAGAACTTTGGAGCATAAATTATTGTCTAAGGaaaaa < 2:157986/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |