| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,019,336 | 1 | .→A | 1.0% | 1.8 0.0 ‑0.1 | 192 | coding (718/1041 nt) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (115/75): total (116/76) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.18e-01 | ||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CGTCTTTGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAA > NC_000913/1019036‑1019635 | cGTCTGTGATACCTTTAACGCCGATCTCTTCGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTGGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTg < 1:619253/301‑1 (MQ=255) tCTTTGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑At > 2:563040/1‑301 (MQ=255) cgttGATACCTTTAACTTCGATCACGAGGCGACGATACGAAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTGTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATc < 1:336884/299‑1 (MQ=255) tttTATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGTAGCCAGGCAGTCGAGCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCTGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATcc < 1:93324/301‑1 (MQ=255) tttGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATcc < 2:414941/301‑1 (MQ=255) tttGATACCTTTAACGTCGAGCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATcc < 1:444623/301‑1 (MQ=255) tACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGagc < 2:8105/301‑1 (MQ=255) ccTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTTTACAGCTG‑ATCCAGagc‑aa > 1:599934/1‑300 (MQ=255) ccTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCACAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATACATagccg > 2:946607/1‑299 (MQ=255) ctACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAAAACCGATGCGGTCGGTTTACCCCAGAAAAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCCCAGCTGGCTGTACGACTG‑AACC‑GAGCAAGCCGGACCTTCGGGttt > 2:579107/1‑301 (MQ=255) 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aTCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGCTCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAACCGTCAGAACCGATGCGGCCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGACTCCAGGTTGCTCCGCTGGATGTACCGCTA‑CTCCAGAGC‑ATCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTg > 1:56433/1‑299 (MQ=255) aTCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACGGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTg > 1:781916/1‑299 (MQ=255) tCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCtt < 2:1048572/301‑1 (MQ=255) gAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTTCTttgtt > 1:440081/1‑301 (MQ=255) gCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTttgttg < 2:445372/300‑1 (MQ=255) gTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCAAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTT‑ATCCAGCGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTgttgaagttgaa > 1:869071/1‑300 (MQ=255) 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cTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCaga > 2:334583/1‑301 (MQ=255) gTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGt > 2:481186/1‑301 (MQ=255) tCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTgg > 2:716712/1‑301 (MQ=255) 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ggctgTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGGGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCCCCAGCGaa > 1:1019879/1‑301 (MQ=255) ctgTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGa > 2:849359/1‑301 (MQ=255) gTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGAc > 2:528395/1‑300 (MQ=255) gTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGAc > 2:458284/1‑300 (MQ=255) gCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGGGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCCACACCCCCAGCGAAGACCGgaca > 1:1041343/1‑299 (MQ=255) g‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATcgcg > 2:161360/1‑269 (MQ=255) | CGTCTTTGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTG‑ATCCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAA > NC_000913/1019036‑1019635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |