| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 153,892 | 1 | .→G | 1.1% | 0.7 0.0 ‑0.1 | 181 | coding (1535/2598 nt) | htrE | putative outer membrane usher protein |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (91/88): total (92/89) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.81e-01 | ||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GGTTATTACCCTTAAAGTCACTGCTTATTTGAGTATCAATACTCTGGAAACCTGAAGTACGTTGTTCAGTGCCAAGTAATTTTTCAATTGGAATGGTGAAACTAAGATAAACGCTATCGTCAGTGTCGCCGTCTTCATTCCATGAACGCTGGGCACTGACACTGTAGCTGCCCCAGGATGTACTGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTT‑GGTTAATAC‑TGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACGCATGGATTTCGGTTCAAGATCTTGTTCGGGATGTTTCACTTCATCAATTAGAGTTAGTGCATCATTAAGACCAAGGTAATTCTGTGTCGAATAGCGATAGGCCGCGATATTCAGTGAAGTACTTGTTTCTTCGAATAACTTGTTCCAGGAAACACGATAACTTTGCCCCTGGTATGTTTTATCATCCGGGATACGAACATTGGAATGAGTCACATCGAAAGAAAATGCACCAACTGAAGTATTCAGACCA > NC_000913/153596‑154188 | ggTTATTACCCTTAAAGTCACTGCTTATTTGAGTATCAATACTCTGGAAACCTGAAGTACGTTGTTCAGTGCCAAGTAATTTTTCAATTGGAATGGTGAAACTAAGATAAACGCTATCGTCAGTGTCGCCGTCTTCATTCCATGAACGCTGGGCACTGACACTGTAGCTGCCCCCGGATGTACTGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTCATCGGACCAACTTCCGGAACGATAAAATGCACCGTCATCTTTTTTCTCAACTTTCAACggtt‑gttt > 2:609617/1‑301 (MQ=255) 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GGTTATTACCCTTAAAGTCACTGCTTATTTGAGTATCAATACTCTGGAAACCTGAAGTACGTTGTTCAGTGCCAAGTAATTTTTCAATTGGAATGGTGAAACTAAGATAAACGCTATCGTCAGTGTCGCCGTCTTCATTCCATGAACGCTGGGCACTGACACTGTAGCTGCCCCAGGATGTACTGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTT‑GGTTAATAC‑TGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACGCATGGATTTCGGTTCAAGATCTTGTTCGGGATGTTTCACTTCATCAATTAGAGTTAGTGCATCATTAAGACCAAGGTAATTCTGTGTCGAATAGCGATAGGCCGCGATATTCAGTGAAGTACTTGTTTCTTCGAATAACTTGTTCCAGGAAACACGATAACTTTGCCCCTGGTATGTTTTATCATCCGGGATACGAACATTGGAATGAGTCACATCGAAAGAAAATGCACCAACTGAAGTATTCAGACCA > NC_000913/153596‑154188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |