| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4542682 = | 260 (1.190) | 7 (0.030) | 7/560 | 27.0 | 2.8% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| ? | NC_000913 | 4542996 = | 238 (1.120) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTTTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAG > NC_000913/4542697‑4543291 | ccATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCAAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑CGCCCCAAAt > 2:1019143/1‑301 (MQ=255) aatcaagaatttACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAGTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCa < 2:155548/291‑1 (MQ=255) ataaataaGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATCAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAAAAAACAAAAAAAGTTGATACACGAAGATTTCTTATATGAGTAAAAAT‑GGACCAAAATGtacaa > 1:1144678/1‑296 (MQ=255) aaataaGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCAGGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAACCAACAAACAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGACCAAAATGtttatcat > 2:678955/1‑296 (MQ=255) aatttACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑CAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTg < 2:287576/298‑1 (MQ=255) tACGTATTTTGTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTgggg < 2:275764/300‑1 (MQ=255) aagTAATTTTTCTAAAAAAAAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTATTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTggggg < 1:1677070/298‑1 (MQ=255) 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aaaaaTATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCAAAAAAATAAACTGAAAAAGTTTTTACGCAATTCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCACCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTgtc > 1:1814040/1‑297 (MQ=255) aaaaaaCGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACTTCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAAAAAATAAACTGAAAAAGTATGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCAAAATGTTTAATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGG‑TTTGGCAGTAAAACTCg > 1:447106/1‑301 (MQ=255) aaCGACA‑AAGAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTCTTTCTATTGTAAATTGATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAATGTTTCTGTGAGTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAACAACCACCTCATGCAATATACACATCTACAAATAAATAAAACACTATAATATTAAGCCAATAAATAACATGAAAATGTTTGCCAGCCAGGCTTTCATCGCTGAGCCAAAAT‑CCACCCAAATATTCACACTTTTGGTGGAAAAGTGTG‑AGTAGTTGGCAGCCAAAATCGtttc > 1:1606034/1‑300 (MQ=255) aaCGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGTGGGAAAAATGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTctgtt > 2:584724/1‑296 (MQ=255) aaaaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGTCAGTCAAACTCGTTTacaaaac > 2:1078567/1‑300 (MQ=255) aaaaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCg < 2:1627785/290‑1 (MQ=255) 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aaaTTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTAAAGAACGACTGCCCATgg > 2:1738520/1‑300 (MQ=255) tCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGAttt > 1:794448/1‑299 (MQ=255) tAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑TTTGGCAGTCAAACTCGTTTACACAAAAAAGTGTACAGAACAACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGt > 2:1410552/1‑301 (MQ=255) 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cccAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTTTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAAtgg < 1:555329/213‑1 (MQ=255) cccAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTTTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCCGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGAcgg > 2:1174663/1‑299 (MQ=255) cccAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTTTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGc > 2:1685551/1‑271 (MQ=255) | CCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACA‑AAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCAC‑ATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAT‑GGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGT‑GTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTTTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAG > NC_000913/4542697‑4543291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |