| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1413022 = | 309 (1.350) | 8 (0.040) | 8/566 | 26.7 | 2.6% | coding (214/1236 nt) | intR | Rac prophage; integrase |
| ? | NC_000913 | 1413041 = | 295 (1.320) | coding (195/1236 nt) | intR | Rac prophage; integrase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ACAGCGAACAGAGCAGGGCGATATAGTTATCAACTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAAC‑GTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAACCAGATGCGAATGTATCTACCTCTAATCTCGACACCTGTTGGTAATTTAGACATATCATGAGTCTTTGATAAACTGATTTATCTTTGGATAGTTGTACCAGATAATCCCTCGTTTGCTGTCTGGCTTACCTAAAGGAGAT > NC_000913/1412722‑1413321 | gCGAACAGAGCAGGGCGATATAGTTATCAACTTTTCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGcccc < 2:1197554/301‑1 (MQ=255) caataacttgtgtgtttggttgttaaCTTTGTGCATGGTTTTTGCTTTTTTGTTGGAACATTGATTATCCACGTACTGCGTTCATCCATTCAGCAGTTCATTTCTGTCGTGTAAGATATCTCTATAACGACTATGTCATATCGGAGTACTTTTACAAATTTTTATTCTGCGTGTTATTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGt < 1:231087/276‑1 (MQ=255) gagCAGGGCGATATAGTTATCAACTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTATTTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCATTGCTg > 2:107306/1‑301 (MQ=255) gactagtcGATTTTGTTGTCAACTTTGTTCGCGTTTTGTCCTTTTGTGTTGGATCTTGGATTATCCAGTTAAAGCGTTTGTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTgg < 1:21597/294‑1 (MQ=255) gggCGATATAGTTATCAACTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTCATTTTTGTCTTGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTAACAATTTTTGCCCCCTTGCTggcttg > 1:154213/1‑297 (MQ=255) gtataGTGATCAACTGTGCGCACGGTGCTTCCTTTTTTGTTTGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGAGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTATTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGa < 2:1460172/299‑1 (MQ=255) ttaGTTATCAACTTTGCGCTCGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGTTCTTTGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGAAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGaaa < 1:568389/299‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
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