| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,577,266 | 1 | .→G | 0.7% | 0.8 0.0 ‑0.3 | 285 | coding (693/1047 nt) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (143/140): total (144/141) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.31e-01 | ||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGATATACTCGATGCA‑TCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTGTGTTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAG > NC_000913/4576970‑4577562 aacTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGatat < 2:1085000/298‑1 (MQ=255) gTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTAAGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGTCTTTAACGACCATCAGTAATTCTTCAGTTGATCAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCACATTCGTCTTGAAAACATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGTTAAGTCTTTTTTCTGATGAGCGAATTGTGATGTCATTTTCCATTCGATGTACCAACTTA‑AGTGCCTTATCCGATATACTCCATGCA‑Tcc > 1:985143/1‑300 (MQ=255) acacAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTTATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACGGATCCGATATACTCGATGAA‑TCCCAt > 2:631950/1‑301 (MQ=255) aGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTCTTTTTTCTTATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGCTATACTc > 2:1136596/1‑284 (MQ=255) 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aaGCCATTAATTTGATAACGAGGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATGTGGCGTCAACGATAAGTATTTTGTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGATATACTCGATGCA‑TCCCATTTTAAATAAGAGCggg < 2:758504/301‑1 (MQ=255) ttATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATTGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGCTAACAAATTA‑AGTGACTGATCTGATTTATTCGATGCA‑TCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTTTGTTTGCAg > 2:957431/1‑301 (MQ=255) ataACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGATATACTCGATGCA‑TCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTGTGTTTGCAGa > 2:235732/1‑300 (MQ=255) 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aCGTGGGGATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGATATACTCGATGCA‑TCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTGTGTTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCAt > 1:284271/1‑301 (MQ=255) gggATATATTAATACCCCCCCTATGGTTTAGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGCTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAAAGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGACTGATGATGTAAGTTTACATTCGAGGTAAAAACTTACAGT‑ACTGATCCGCTATACTCGATGCA‑TCCAATTTTAAATAAGAGGGGGTTGTGTTTGCATACGTTAATTCAAGACGGCAAAATTCCTAAAGa > 1:846312/1‑301 (MQ=255) gggATATATTAATAACCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTA‑AGTGACTGATCCGATATACTCGATGCA‑TCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTGTGTTTGCAGACGTTAATTcctgcctcttttacacatctcca > 2:498060/1‑279 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |