| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,197,443 | 1 | .→A | 1.0% | 2.1 0.0 ‑0.6 | 198 | pseudogene (970/2847 nt) | yehH | DUF4132 family pseudogene; defective yehI paralog; molybdate metabolism regulator, first fragment; molybdate metabolism regulator, second fragment 2; yehI' molR mutations have phenotypes and the N‑terminal molR fragment of yehI' may be expressed and may have retained or evolved MolR function |
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (94/102): total (95/103) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.81e-01 | ||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TCGTCCAGGAAGGCGGTCTGGAATATGCTACTGATGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGCCCAGCGTCTACTGGGGCAAAAAAAATTACCCTCGCTTGAGTGGTTAAAAATAGTGGCGACTGATGAGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGTATTACAGGAGCAAGGTGTTGCAGCCCTGCCCCGATTTGCTCCCTATGCCGCAAGTGACTACTGCGCCGATGTGTTGCGTCATATCAATCATCCGTTCGCATTGACACTGCTTATACGTGTAGCC > NC_000913/2197147‑2197727 | tCGTCCAGGAAGGCGGTCTGGAATATGGTACTGATGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATGATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAAt < 1:295397/301‑1 (MQ=255) gTCCAGGAAGGCGGTCTGGAATATGCTACTGATGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTACCGCAATTCCACCTATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGACATTGCCAATT‑AAAttt > 2:1154632/1‑300 (MQ=255) cgtcagaggggtataagagacagtACTGATGGAATAAGACACCTTCAACAGAGTGATATTGAAGTGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGccc < 1:56338/278‑1 (MQ=255) ggataagagacagggAATATGCTACTGATGTAATAATACACCTGCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGccc < 2:1210392/287‑1 (MQ=255) 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ggAATATGCTACTGATGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGCCCAGCGTCTACTgggg > 1:498104/1‑301 (MQ=255) atatGCTACTGATGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGTCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATCGCACATG‑AAATTGCCCAGCGTCTACTGGGGCaa > 2:724761/1‑301 (MQ=255) atGCTACTGATGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGCCCAGCGTCTACTGGGGCaaaa > 2:954977/1‑301 (MQ=255) 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tGTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTTTTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTTCCCAGCATCACCTGGGGCAAAAAAAATTAca > 1:401969/1‑299 (MQ=255) aagaataatACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGCCCAGCGTCTACTGGGGCAAAAAAAATTAccc < 1:404992/298‑1 (MQ=255) gTAATAATACACCTTCAACAGATTGATATTGAATGGGATTATGCGAATAATGTCATTATTATTCTGCCGTCTGGCATTGCACCTAGCTACTTGGAGCAATATTCCAGATTTGAATGACGCCTACGTAAACATTTATCACTGACGGAAGAGTCTCTCTGGCAAAAATGTGCACAAAAACTTATTGCCGCAATTCCACATATTCCAGAATGGCGGCAACCATTAATTGCTTTGTTATTACCCGAAAAACCAGAAATTGCACATG‑AAATTGCCCAGCGTCTAc > 2:297901/1‑280 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |