| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,063,468 | 1 | .→G | 1.0% | 0.8 0.0 ‑0.0 | 206 | coding (1222/1266 nt) | yihN | MFS transporter family protein |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (103/101): total (104/102) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.02e-01 | ||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CGCACGAAAGTATGCCGGTCTATTTAGGGATGGCATGTACGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGTTTCACATCAGAAGAAATACTTCGTCCCGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGCTA > NC_000913/4063169‑4063765 | cACGAAAGTATGCCGGTCTATTTAGGGATGGCATGTACGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTACTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTATGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAACATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATCCAGTGGCGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTa > 2:224303/1‑301 (MQ=255) gtgggCCGGTCTATTTAGGGATGGCATGTAAGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGAGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGcc < 1:944257/296‑1 (MQ=255) tATGCCGGTCTATTTAGGGATGGCATGTACGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGcc < 1:63326/299‑1 (MQ=255) tATGCCGGTCTATTTAGGGAGGGCATGTACGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGcc < 2:28693/299‑1 (MQ=255) tATGCCGGTCTAGTTAGGTATTGCAGGTACGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGcc < 1:420175/299‑1 (MQ=255) gTCTATTTAGGGATGGCATGTACGCTGGGCTTTGGCGCGATAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTaag < 2:173039/300‑1 (MQ=255) tgtATTGAGGGAGGGCATGTACGCGGGGCGTTGGCGGGAGAGTCTTTACACAGCGGTCCTTATGTTGTGCACCTGTCGGCGAAGCAACAATTGCGGAAAAGAAAACGGGGGGGGCGAGTGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCTATGTTGTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGAGTTACATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGTGGTGGTGTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGGaagaa < 1:759200/299‑1 (MQ=255) 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tGGCGCGCTAGTCTTTACACAGTGAGCCGTAGTTTTTGCACTTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGAGGGCGTTGGGTTGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCGTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATg < 2:867159/301‑1 (MQ=255) aTAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTACGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGAt > 1:986122/1‑301 (MQ=255) aTAGTCTTTACACAGCGAGCCGCATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTaagaa < 1:916587/263‑1 (MQ=255) tAGTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGAtg < 2:261567/301‑1 (MQ=255) gTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGAtgtg > 2:379462/1‑301 (MQ=255) gTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGAtgtg > 2:612992/1‑301 (MQ=255) gTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGAtgtg > 2:634636/1‑301 (MQ=255) gTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGAtgtg > 2:974251/1‑301 (MQ=255) gTCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGAATTCAGTGGTACGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTCAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTACTGGCCGGCtgtg > 1:846626/1‑301 (MQ=255) tCTTTACACAGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGGATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTTCGGAGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAgtc > 1:621253/1‑247 (MQ=255) acacAGCGAGCCGTATTTTTTGCCCCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTAAGAAA‑GAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAAt < 1:331531/301‑1 (MQ=255) caGCGAGCCGTATTTTTTGCACCTATCGGCGAAGCAAAAATTGCTGAAAATAAAACAGGTGCGGCGATGGCGTTGGGTAGCTTT‑ATTGGTTACGCTCCGGCGATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGC‑GTATTAGCCAACGTaagaa > 2:115635/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |