| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,296,380 | +G | 92.7% | intergenic (+586/+56) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,296,380 | 2 | .→G | 92.7% | 20.9 0.0 ‑2.8 | 137 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (62/64): ref base (5/5): total (67/70) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.62e-03 | ||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑A‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGA‑GCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTT > NC_000913/4296131‑4296666 | tttGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAgg > 2:332469/1‑301 (MQ=18) 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(MQ=38) gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCACTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCCGGCCTATCTTAACCGTTCGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACACGTTATCACACCCTTCCATCCAGCTCCGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTCCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCTCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGACATTGCATA‑ATTGCGTTTGAACTGCCCGGTTGCCTTGTcgtatgcggt > 1:1507969/1‑292 (MQ=37) gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATACAACCTTCTTCACCGTTTAAGaa > 1:442246/1‑214 (MQ=255) aTTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCACACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATACAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGTGAACTTGCAGA‑GCTGCGTTTGAAATACCAGGTAGCCTTGTATTCGTCGGCCTTaa > 2:1245361/1‑301 (MQ=255) 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TTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑A‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGA‑GCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTT > NC_000913/4296131‑4296666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |