| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,982,684:1 | (C)8→9 | 100% | noncoding (79/87 nt) | leuT → | tRNA‑Leu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,982,676 | 1 | . | C | 57.5% | 256.1 / 236.2 | 153 | noncoding (71/87 nt) | leuT | tRNA‑Leu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (30/35); new base C (55/32); total (86/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TAGCTCAGCTGGATAGAGCGCTGCCCTCCGGAGGCAGAGGTCTCAGGTTCGAATCCTGTCGGGCGCGCCATTTAGTCCCGGCGCTTGAGCTGCGGTGGTAGTAATACCGCGTAACAAGATTTGTAGTGGTGGCTATAGCTCAGTTGGTAGAGCCCTGGATTGTGATTCCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTC‑CTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGACCATGCTGCAACAGGTT > NC_000913/3982382‑3982972 | tAGCTCAGCTGGATAGAGCGCTGCCCTCCGGAGGCAGAGGTCTCAGGTTCGAATCCTGTCGGGCGCGCCATTTAGTCCCGGCGCTTGAGCTGCGGTGGTAGTAATACCGCGTAACAAGATTTGTAGTGGTGGCTATAGCTCAGTTGGTAGAGCCCTGGATTGTGATTCCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGCCGCGCTAGCTTCAGGTGTGAGTGTC‑CTTAAGGACGTGGGGGTTCCA‑G‑‑T‑‑‑c‑c‑c‑c‑c > 1:548716/1‑300 (MQ=255) 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tAGTGTC‑CTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑TC‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCACTAAACGcc > 2:1453001/1‑238 (MQ=255) taggggctcgactgACGTGCGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑CTC‑TC‑GCACAACGACTTTAAAGAAGTGATCTAAAAATTAAAAAAGCAGTA‑GTTA‑GGCGAGTATCGACGCGTGGTAGCTCAACTGGTTTGGGAACAGTGGGTT‑GGGTGGGCGAATCCTCTCTCGCCGACCAAGTTGGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTTTGCATTTCGTCACTCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGc < 2:1532364/288‑1 (MQ=255) gtC‑CTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑TC‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGAc < 1:851568/125‑1 (MQ=255) tC‑CTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑TCCCC‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTTAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTACCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGGC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTTGCCGCACCATTTGGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTCCCTTTCGTCCGCCTCCCTTCGCATTTACCGCCCGTACTAACTGCTTTCACCCAC‑GTTGGCTTTACCACTTAACGCATTGAAGGAtacctttagtgccg > 2:432941/1‑288 (MQ=255) c‑cTTACGGACTGGGGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑CGTC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGGAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCACg < 2:1462606/254‑1 (MQ=255) c‑cTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑TC‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACCTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGAc > 2:618672/1‑123 (MQ=255) ctgtACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑TC‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAg < 2:1177354/298‑1 (MQ=255) ggACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑TC‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGCC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCCCGGTATTATTTCTCCCTTCACGTATTGACGGATGCCTTCAGGCAAGGACCGACCa > 1:452946/1‑301 (MQ=255) cggcggggggggTAAA‑G‑‑T‑‑‑C‑C‑CAC‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAAGTGAAATAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCACGTAATAACT‑CATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGACCa < 1:1049634/295‑1 (MQ=255) gACTTGGGGGTAAAA‑T‑‑T‑‑‑C‑C‑CTC‑C‑C‑A‑C‑TC‑GCACGACGACTGTAAAGAAGTGAAAAAAAAATGCAAAAGGCACAA‑TATC‑GGAGAGTAGGGCAGCTTGGTATCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTGTGAATCCTCTCTCGCCGACAAATTCTGAACCCAGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTACCTTCGTAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCACGGTATGAATGCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGAcc < 1:229415/299‑1 (MQ=255) 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TAGCTCAGCTGGATAGAGCGCTGCCCTCCGGAGGCAGAGGTCTCAGGTTCGAATCCTGTCGGGCGCGCCATTTAGTCCCGGCGCTTGAGCTGCGGTGGTAGTAATACCGCGTAACAAGATTTGTAGTGGTGGCTATAGCTCAGTTGGTAGAGCCCTGGATTGTGATTCCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTC‑CTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑C‑TC‑GCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA‑TTTC‑GGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTC‑GGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACT‑CATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGACCATGCTGCAACAGGTT > NC_000913/3982382‑3982972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |