| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 2911492 = | 145 (0.980) | coding (2160/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCA‑GCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAA > NC_000913/2911180‑2911778 | tatttaccaacctgatCAACAATTAATTTGCCACCCAACAGTTTAATCTTCACTTCATAATGAATATGCAGGTGGGGCGCCCTCATTAACGTAGCCGGGAGCCGCACCGCCTGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCCTTCCTGAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATAACAATCTCCATTGTAGATCCGAGCAAAGTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATACCATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CAc < 1:1494012/286‑1 (MQ=255) 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aaTCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGACTTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATCCGAGCAAATTTCGGCCTAAATCCCGTTCAACCGACGCGCCTCGATACCATCCGGCCCCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCCCCCCAG‑CACTTTCAGGTGGTAACTCTCACTGGTCCTGTCGATGATAGCCGGtt > 1:787737/1‑301 (MQ=255) catcatcaATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTCCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCCCCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCCCCCCAC‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCAGTTCCATGGTCCCCCGTTCCTGTTTTgtt > 1:708148/1‑300 (MQ=255) tatTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CACTTGCAGGTTGTAACTCGCAATGGTCATGTCGATGGTCGCACTTTGCTGTCTGGTGTCGCTCCgg > 1:673046/1‑301 (MQ=255) 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ccACGCGCCCCGG‑CACTTGCAGGTTGTAAAGCTAAAGCGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCTCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATTATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCA‑GCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGGTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGt < 2:305466/300‑1 (MQ=255) ccgcgCCCCAG‑ACAGTGGAGGTTTGAAAGCTTAAGGGTGAGGCTGATGGTGGCCCGTGGGTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACTGTCACCGGCTCGTTGGCTGGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCA‑GCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTaa < 1:639818/300‑1 (MQ=255) | TAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCA‑GCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAA > NC_000913/2911180‑2911778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |