| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,285,121 | T→C | 5.4% | L146P (CTC→CCC) | agaC → | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,285,121 | 0 | T | C | 5.4% | 349.7 / 2.1 | 131 | L146P (CTC→CCC) | agaC | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/67); new base C (6/3); total (61/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAG‑CAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCATTCTGTTCTTCTATTCCGCTTTCTC‑ATTATTTATGACCAAAGCCGATAAA‑TGCGCGAAAGAGGCGGATACGGCAGCGTTTTCCCGGCTTAACTGGACAACGATGCTCATC‑GTCGCTTCAGCGTATGCGGTGATTGCTTTCCTCTGTACTTACCTGGCACAGGGGGCGATGCAGGCGCTGGTGAAAGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTGTTTGTTTGCTACATCCAGGTCAGCAACCTGTTGCCGGTTGCCGTACTGGGCGCAGGCTTTGCGGTGTATGAGTTTTTCAATGCGAAATCCCG > NC_000913/3284847‑3285421 | ggtCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTTATGACCACCGTCCTTGCATGGTCTCCCGGCGTTGCTGCCAAAAAAG‑CATTTGGTCTTTGCCTTCCGTTTGGTTTGTTAATGCAGTACGGCATTCTGGTCTTCTATTCCGCTTTCTC‑CTTATTTATTACCAAAGCCGACAAT‑TGCCCACACAAGGCGGATTCGCCCACTGTTTCCCGCCTTAACTTGACACCGATGCTCCTC‑GTCCCtctcccctttctggtgt > 1:1107937/1‑285 (MQ=255) 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gCTCATC‑GTCGCTTCAGCGTATGCGGTGATTGCTTTCCTCTGTACTTACCTGGCACAGGGGGCGATGCAGGCGCTGGTGAAAGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTGTTTGTTTGCAACATCCAGGTCAGCAACCTGTTGCCGGTTGCCGTACTGGGCGCAGGCTTTGCGGTGTATGAg > 2:177016/1‑283 (MQ=255) gCTCATC‑GTCGCTTCAGCGTATGCGGTGATTGCTTTCCTCTGTACTTACCTGGCACAGGGGGCGATGCAGGCGCTGGTGAAAGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCAGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCGGTTTGTTTGATACATCCAGGTCAGCAAACTGTTGCCGGTTGCTGTACTGGGGTCAGGGCTTGCGGGGTATGAGTTTTTCAAAGCGAAATc > 1:969038/1‑300 (MQ=255) tCATC‑GTCGCTTCAGCGTATGCGGTGATTGCTTTCCTCTGTACTTACCTGGCACAGGGGGCGATGCAGGCGCTGGTGAAAGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTATTCACCGGTTTCCTGTTTGTTTGCTACATCCAGGTCAGCAACCTGTTGCCGGTTGCCGTACTGGGCGCAGGCTTTGCGGTGTATGCGTGTTTCAATGCGAAATCCCg > 2:1197553/1‑301 (MQ=255) | GGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAG‑CAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCATTCTGTTCTTCTATTCCGCTTTCTC‑ATTATTTATGACCAAAGCCGATAAA‑TGCGCGAAAGAGGCGGATACGGCAGCGTTTTCCCGGCTTAACTGGACAACGATGCTCATC‑GTCGCTTCAGCGTATGCGGTGATTGCTTTCCTCTGTACTTACCTGGCACAGGGGGCGATGCAGGCGCTGGTGAAAGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTGTTTGTTTGCTACATCCAGGTCAGCAACCTGTTGCCGGTTGCCGTACTGGGCGCAGGCTTTGCGGTGTATGAGTTTTTCAATGCGAAATCCCG > NC_000913/3284847‑3285421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |