| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,982,684 | (C)8→10 | noncoding (79/87 nt) | leuT → | tRNA‑Leu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,982,676 | 1 | . | C | 95.9% | 414.9 / 7.2 | 124 | noncoding (71/87 nt) | leuT | tRNA‑Leu |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,982,676 | 2 | . | C | 89.5% | 399.0 / 34.4 | 124 | noncoding (71/87 nt) | leuT | tRNA‑Leu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/9); new base C (59/52); total (63/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CAGCTGGATAGAGCGCTGCCCTCCGGAGGCAGAGGTCTCAGGTTCGAATCCTGTCGGGCGCGCCATTTAGTCCCGGCGCTTGAGCTGCGGTGGTAGTAATACCGCGTAACAAGATTTGTAGTGGTGGCTATAGCTCAGTTGGTAGAGCCCTGGATTGTGAT‑TCCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑CCC‑‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCA‑ACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACTCATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGACCATGCTGCAA > NC_000913/3982387‑3982966 || cAGCTGGATAGAGCGCTGCCCTCCGGAGGCAGAGGTCTCAGGTTCGAATCCTGTCGGGCGCGCCATTTAGTCCCGGCGCTTGAGCTGCGGTGGTAGTAATACCGCGTAACAAGATTTGTAGTGGTGGCTATAGCTCAGTTGGTAGAGCCCTGGATTGTGAT‑TCCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑ccc‑‑ccc‑cccc > 2:1190209/1‑298 (MQ=255) 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(MQ=255) acgtgtgctcttccgatct‑‑CCC‑‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCA‑ACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACTCATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGAcc < 2:485866/282‑1 (MQ=255) tGGGGGTTCAA‑G‑‑TCCCCC‑‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCA‑ACTGGTTTGGGACCAGTGGGGCGGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTTCATTTCGTTACCCTCCCTTCTCTATAAACGGCCGTAATAACTCATTGCCCCCCGGTATGATTTCCCCCTTAATGTATTGAAGGAGGACTTCAGGCAAGGGGCGACCAtg > 2:495608/1‑299 (MQ=255) ggTTCAA‑G‑‑TCCCCC‑‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCA‑ACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACTCATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGAGACCATGCTGCaa > 2:219948/1‑301 (MQ=255) gTTCAA‑G‑‑TCCCCC‑‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCA‑ACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCTTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACTCATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTTAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGACCATGCTGCaa > 2:970005/1‑300 (MQ=255) || CAGCTGGATAGAGCGCTGCCCTCCGGAGGCAGAGGTCTCAGGTTCGAATCCTGTCGGGCGCGCCATTTAGTCCCGGCGCTTGAGCTGCGGTGGTAGTAATACCGCGTAACAAGATTTGTAGTGGTGGCTATAGCTCAGTTGGTAGAGCCCTGGATTGTGAT‑TCCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑‑T‑‑CCC‑‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCA‑ACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTCTCGCCGACCAATTTTGAACCCCGCTTCGGCGGGGTTTTTTGTTTTCTGTGCATTTCGTCACCCTCCCTTCGCAATAAACGCCCGTAATAACTCATTGCCCCACGGTATGATTTCGCCCTTAACGTATTGAAGGATGACTTCAGGCAAGGAGCGACCATGCTGCAA > NC_000913/3982387‑3982966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |